Détection de courts segments inversés dans les génomes - méthodes et applications

Résumé : L'inversion de courts segments (moins de 1000 bases) est soupçonnée être un mécanisme majeur de l'évolution des génomes. Deux méthodes de détection ab initio de tels segments sont présentées. La séquence est modélisée par une chaîne de Markov $X^+$. La séquence inverse-complémentaire est alors également modélisée par une chaîne de Markov note $X^-$. Le premier chapitre présente de façon didactique les modèles de Markov utilisés en analyse de séquences génomiques. Une généralisation au cas d'un ordre supérieur à 1 d'un résultat sur la vitesse de convergence vers la distribution stationnaire est également établie. Le deuxième chapitre est consacré à l'étude du score local : $H_(n)=\max_(1\leq i \leq j \leq n)(Y_i+...+Y_j)$, pour une séquence $(Y_1,...,Y_n) \in \R^n$. La loi jointe asymptotique des $r$ plus grandes valeurs de score local est établie à l'aide de la théorie des valeurs extrêmes. Enfin, une démarche de test multiple permettant de choisir $r$ est proposée. Le troisième chapitre propose une statistique de détection fondée sur un rapport de vraisemblance (modèle $X^+$ contre modèle $X^-$) lorsque la longueur du segment retourné est connue. Une approche de type ``fenêtre glissante'' est ensuite appliquée. Une approximation connue de la loi du maximum de ce type de statistique est utilisée pour associer un degré de signification aux segments détectés. Dans le quatrième chapitre, le cas de recherche de segments de longueurs inconnues est traité à l'aide d'une méthode de type score local. Le cinquième chapitre présente l'application de ces méthodes à quelques génomes viraux. Un logiciel développé pour traiter cette problématique est également présenté.
Type de document :
Thèse
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [1 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00010628
Contributeur : David Robelin <>
Soumis le : vendredi 14 octobre 2005 - 12:05:47
Dernière modification le : jeudi 11 janvier 2018 - 06:12:20
Document(s) archivé(s) le : vendredi 2 avril 2010 - 22:40:04

Identifiants

  • HAL Id : tel-00010628, version 1

Collections

Citation

David Robelin. Détection de courts segments inversés dans les génomes - méthodes et applications. Sciences du Vivant [q-bio]. Université Paris Sud - Paris XI, 2005. Français. ⟨tel-00010628⟩

Partager

Métriques

Consultations de la notice

311

Téléchargements de fichiers

571