In silico drug discovery services in computing grid environments against neglected and emerging infectious diseases
Recherche de médicaments in silico sur grilles de calcul contre des maladies négligées et émergentes
Résumé
Computing grids are a new Information Technology offering unprecedented opportunities for collecting and sharing information, networking experts and mobilizing resources routinely or in an emergency. Grids open new perspectives to in silico drug discovery for the reduction of costs and the acceleration of research against neglected and emerging infectious diseases. In this context, the first part of the thesis focuses on the conception of bio-informatics services in the framework of the RUGBI grid which carry out the software and database deployment and update on grid resources. The second part focuses on the deployment of high throughput virtual screening by docking in the framework of the EGEE grid. The experiments demonstrated how collaborative grids have a tremendous capacity to mobilize very large CPU resources for well targeted goals during a significant period of time and that they can be used for producing relevant biological results in the drug discovery process.
Les grilles de calcul sont une nouvelle Technologie de l'Information permettant la collecte et le partage de l'information, la mise en réseau d'experts et la mobilisation de ressources en routine ou en urgence. Elles ouvrent de nouvelles perspectives de réduction des coûts et d'accélération de la recherche in silico de médicaments contre les maladies négligées et émergentes. Dans ce contexte, la première partie de la thèse a porté sur la conception de services bio-informatiques sur grille. Ils facilitent le déploiement et la mise à jour sur la grille RUGBI de logiciels et de bases de données. La seconde partie a vu le déploiement d'expériences de criblage virtuel à haut débit sur l'infrastructure de grille EGEE. Les expériences ont démontré que les grilles collaboratives ont la capacité à mobiliser d'importantes ressources de calcul dans des buts bien définis pendant une période de temps significative, et qu'elles produisent des résultats biologiques pertinents.