Dissection of the phenotypic expressivity across a natural population
Caractérisation de la variation d’expressivité au sein d’une population
Résumé
Unravelling the genetic basis under complex traits is a major issue in biology. This last decade, resequencing projects including thousands of individuals from the same species allowed the survey of the genetic diversity along the genomes. Genome-wide association studies (GWAS) were then initiated to identify genetic variants involved in the phenotypic variance observed across natural populations. However, these genetic variants only explained a more or less extensive fraction of the observed phenotypic variances. The goal of my thesis was to obtain a better overview of the genotype-phenotype relationship. To this end, a collection of more than 1,000 Saccharomyces cerevisiae natural isolates previously sequenced was at first powerful enough to explore the genetic basis of gene expression variation in more than 6000 genes across this species. Secondly, a transposon mutagenesis strategy was used in one hundred of yeast natural isolates to provide an estimation of the genetic background effect on phenotypic variation after gene loss-of-functions.
L’élucidation des origines génétiques des traits complexes reste une problématique majeure en biologie. Ces dix dernières années, les projets de reséquençage de milliers d’individus d’une même espèce ont permis d’explorer la diversité génétique au sein des génomes. Des études d’association pangénomique ont alors été initiées pour identifier les variants génétiques impliqués dans la variance phénotypique observée dans des populations étudiées. Cependant, les variants détectés n’expliquent qu’une portion plus ou moins importante de la variance phénotypique. Mieux caractériser la relation entre génotypes et phénotypes a ainsi été la base de mes travaux de thèse. Pour cela, une collection de plus de 1000 isolats naturels de Saccharomyces cerevisiae divers et séquencés a été une ressource clé pour disséquer dans un premier temps les origines génétiques de la variation du niveau d’expression de plus de 6000 gènes au sein de cette espèce. Dans un second temps, une stratégie de mutagénèse par insertion de transposons réalisée dans une centaine d’isolats de levure a permis d’estimer dans quelles proportions le fonds génétique impacte la variation des phénotypes.
Origine : Version validée par le jury (STAR)