Syndrome de Lynch : mise au point d'un test diagnostique basé sur la caractérisation fonctionnelle de tolérance à la méthylation des variants des gènes du système de réparation des mésappariements - TEL - Thèses en ligne Accéder directement au contenu
Thèse Année : 2018

Lynch Syndrome : development of a diagnostic test based on the functional characterization of methylation tolerance of variants of the mismatch repair system genes

Syndrome de Lynch : mise au point d'un test diagnostique basé sur la caractérisation fonctionnelle de tolérance à la méthylation des variants des gènes du système de réparation des mésappariements

Résumé

Lynch syndrome (LS) is the leading cause of familial colorectal cancer. It is due to mono-allelic germ-line mutations affecting the genes of the MisMatch Repair (MMR) system, mainly MLH1 and MSH2. The diagnosis is based on the detection of pathogenic MMR mutations, which raises the issue of the functional interpretation of the identified variants, often equivocal since 30% of the detected MLH1 and MSH2 alterations are variants of uncertain significance (VUS). Our goal was to develop a functional test to discriminate these VUS. Inactivation of the MMR system makes the cells tolerant to DNA methylation lesions and allows them to escape apoptosis. Our experimental strategy relies on the ability of MLH1 and MSH2 variants to complement the MMR deficiency of a cell line. Briefly, a restoration of sensitivity to methylation is expected if the transfected variant is non-pathogenic. We first tested 40 MLH1 and MSH2 variants whose pathogenicity or neutrality was known. The method correctly classified 39/40 variants, which validated our approach. The technique, which was then applied to a series of 49 MLH1 and MSH2 VUS to be characterized, made it possible to propose a classification for 41/49 (83%) of the VUS. The other available data (clinical, somatic, in silico and eventually functional) confirm our screen results. In the future, this DNA damage signaling assay could be available in routine diagnostics to study all the detected VUS in patients and improve the diagnosis of LS.
Le syndrome de Lynch (LS) est la 1ère cause de cancer colorectal familial. Il est dû à des mutations germinales mono-alléliques affectant les gènes du système de réparation des mésappariements (MMR, MisMatch Repair), principalement MLH1 et MSH2. Le diagnostic repose sur la détection de mutations MMR pathogènes, ce qui pose le problème de l’interprétation fonctionnelle des variants identifiés, souvent équivoque puisque 30% des altérations MLH1 et MSH2 détectées sont des variants de signification incertaine (VSI). Notre objectif était de développer un test fonctionnel permettant de discriminer ces VSI. L’inactivation du système MMR rend les cellules tolérantes aux lésions de méthylation sur l’ADN et leur permet d’échapper à l’apoptose. Notre stratégie expérimentale repose sur la capacité de variants MLH1 et MSH2 à complémenter la déficience MMR d’une lignée cellulaire en culture. En bref, une restauration de la sensibilité à la méthylation est attendue si le variant transfecté est non pathogène. Nous avons d’abord testé 40 variants MLH1 et MSH2 dont le caractère pathogène ou neutre est connu. La méthode a permis de classer correctement 39/40 variants ce qui a permis de valider notre approche. La technique, qui a ensuite été appliquée à une série de 49 VSI MLH1 et MSH2 à caractériser, a permis de proposer une classification pour 41/49 (83%) des VSI. Les autres données disponibles (cliniques, somatiques, in silico et éventuellement fonctionnelles) confirment nos résultats. À terme, ce test de signalisation des dommages à l’ADN pourrait être disponible en diagnostic de routine pour étudier tous les VSI détectés chez les patients et aider au diagnostic du LS.
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  • HAL Id : tel-02946934 , version 1

Citer

Delphine Bouvet. Syndrome de Lynch : mise au point d'un test diagnostique basé sur la caractérisation fonctionnelle de tolérance à la méthylation des variants des gènes du système de réparation des mésappariements. Génétique humaine. Sorbonne Université, 2018. Français. ⟨NNT : 2018SORUS527⟩. ⟨tel-02946934⟩
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