Géométrie des interactions protéiques
Géometry of Protein Interactions
Résumé
Protein-Protein Interactions (PPI) are at the centre of many biological processes, and their understanding is therefore of the utmost importance. This work focuses on two different aspect: the first is the prediction of interacting surfaces of the protein through computational means, relying on features such as the conservation of residues, their physico-chemical properties, the local geometry of the protein or a score derived from the protein's behaviour in a crowded environnement, inferred from Complete Cross-Docking (CC-D) calculations. The second part of this work focuses on the detection of interacting partners from a large scale CC-D; this part uses a combination of methods to score the likelihood for two proteins to interact with one another and present how it might be possible to apply such methods for even larger scale.
Les interactions protéine-protéine (PPI) sont au centre de nombreux processus biologiques et leur compréhension est donc de la plus haute importance. Ce travail se concentre sur deux aspects principaux : le premier est la prédiction des surfaces en interaction de la protéine par des moyens informatiques, en s’appuyant sur des caractéristiques telles que la conservation des résidus, leurs propriétés physico-chimiques, la géométrie locale de la protéine autour de ces derniers ou encore le comportement de la protéine dans un environnement encombré, déduit des calculs de cross-docking complet (CC-D). La deuxième partie de ce travail porte sur la détection de partenaires en interaction à partir d'un CC-D à grande échelle. Cette partie utilise une combinaison de méthodes pour évaluer la probabilité pour deux protéines d'interagir l'une avec l'autre et présente comment il est possible d'appliquer de telles méthodes à une échelle encore plus grande.
Origine : Version validée par le jury (STAR)
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