ENVIRONMENTAL AND MOLECULAR STUDY OF MYCOBACTERIA ISOLATED IN THE CENTER AND THE SOUTH OF CÔTE D’IVOIRE
ETUDE ENVIRONNEMENTALE ET MOLECULAIRE DES MYCOBACTERIES ISOLEES AU CENTRE ET AU SUD DE LA COTE D’IVOIRE
Résumé
The natural environment is considered a potential source of non-tuberculous Mycobacteria (NTM). They are often responsible for lung and skin infections. In Côte d'Ivoire, the only etiologic agent known to cause ulceration is Mycobacterium ulcerans, responsible for Buruli ulcer. This is a real public health problem with about 2000 cases reported annually by WHO. There is very little information on the presence of environmental Mycobacteria in Côte d'Ivoire. Objectives: Characterize probable environmental ulcerative mycobacteria in endemic areas in Côte d'Ivoire. Specifically, it involved: - Identifying environmental Mycobacteria in target areas; - Determine the physicochemical parameters of these zones likely to influence the presence of Mycobacteria; - To analyze the microbiological and molecular characteristics of strains of Mycobacteria isolated in the environment. Material: The sites (Sokrogbo, Bodo (Tiassalé), Adiopodoumé, Adzopé, loka (Bouaké), Agboville and Aghien) were studied. The biological material consisted of water and sediment samples.
Methods: Classical bacteriology and biochemistry techniques were used for culture and species identification, molecular biology tests for molecular typing, photometry for nutrient determination in water, spectrophotometry and colorimetry. were used for the determination of nutrients in sediments.
Results: A total of 473 samples were obtained in this study. In total, 7 fast-growing species have been identified. These are: M. peregrinum, M. smegmatis, M. immunogenicum, M. chelonae, M. mucogenicum, M. abscessus, and Mycobacterium sp. On the physico-chemical level, the principal component analysis (PCA) made it possible to evoke statistically significant links between the presence or the absence of Mycobacteria and some physico-chemical parameters (Conductivity, nitrite, free chlorine and the type sample). Molecularly, 20% of fast-growing Mycobacteria species isolated harbored the IS2404 gene found in M. ulcerans. 9.23% of the strains harbor the Ketoreductase (Kr) gene, one of the synthetic enzymes of mycolactone. At the level of genetic analyzes using MIRU / VNTR, MIRU 1 was the most amplified sequence, and LOCUS 6 the least amplified, no known profile was identified in this study.
Conclusion: This study revealed the presence of potentially pathogenic fast-growing Mycobacteria with virulence genes previously assigned to M. ulcerans, responsible for Buruli ulcer. It also confirms the role of water and sediments as a risk factor for contamination for the population vulnerable to mycobacteriosis. This study would be the first step to understand the origin of the different skin infections encountered in Côte d'Ivoire.
Justificatif : Le milieu naturel est considéré comme une source potentielle de Mycobactéries non-tuberculeuses (MNT). Elles sont souvent responsables d’infections pulmonaires et cutanées. En Côte d’Ivoire, le seul agent étiologique reconnu responsable des ulcérations est Mycobacterium ulcerans, responsable de l’Ulcère de Buruli. C’est un véritable problème de santé publique avec environ 2000 cas notifiés par an selon l`OMS. Il existe très peu d’informations sur la présence des Mycobactéries environnementales en Côte d`Ivoire. Objectifs : Caractériser les Mycobactéries environnementales ulcératives probables dans des zones endémiques en Côte d`Ivoire. De façon spécifique, il s’agissait de :
- Identifier les Mycobactéries environnementales au niveau des zones cibles ;
- Déterminer les paramètres physico-chimiques de ces zones susceptibles d`influencer
la présence des Mycobactéries ;
- Analyser les caractéristiques microbiologiques et moléculaires des souches de
Mycobactéries isolées dans l’environnement.
Matériel : Les sites (Sokrogbo, Bodo (Tiassalé), Adiopodoumé, Adzopé, loka (Bouaké), Agboville et Aghien) ont été étudiés. Le matériel biologique était constitué d’échantillons d’eaux et de sédiments.
Méthodes : Les techniques de bactériologie classique et de biochimie ont été utilisées pour la culture et l’identification des espèces, les tests de biologie moléculaire pour le typage moléculaire, la photométrie pour le dosage des nutriments dans l’eau, la spectrophotométrie et la colorimétrie ont été utilisés pour le dosage des nutriments dans les sédiments.
Résultats : Un total de 473 échantillons a été obtenu dans cette étude. Au total, 7 espèces à croissance rapide ont été identifiées. Ce sont: M. peregrinum, M. smegmatis, M. immunogenicum, M. chelonae, M. mucogenicum, M. abscessus, et Mycobacterium sp. Sur le plan physico-chimique, l’analyse en composante principale (ACP) a permis d’évoquer des liens statistiquement significatifs entre la présence ou l’absence des Mycobactéries et quelques paramètres physico-chimiques (Conductivité, nitrite, chlore libre et le type d’échantillon). Sur le plan moléculaire, 20% des espèces de Mycobactéries à croissance rapide isolées était porteurs du gène IS2404 retrouvé chez M. ulcerans. 9,23% des souches abritent le gène de la Ketoreductase (Kr), l’une des enzymes de synthèse de la mycolactone. Au niveau des analyses génétiques utilisant les MIRU/VNTR, le MIRU 1 a été la séquence la plus amplifiée, et le LOCUS 6 le moins amplifié, aucun profil connu n`a été identifié dans cette étude.
Conclusion : Cette étude a permis de mettre en évidence la présence de Mycobactéries à croissance rapide potentiellement pathogènes possédant des gènes de virulence attribuée auparavant à M. ulcerans, responsable de l’Ulcère de Buruli. Elle confirme également le rôle de l’eau et des sédiments en tant que facteur de risque de contamination pour la population vulnérable aux mycobactérioses. Cette étude serait la première étape pour comprendre l’origine des différentes infections cutanées rencontrées en Côte d`Ivoire
Origine : Fichiers produits par l'(les) auteur(s)
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