Skip to Main content Skip to Navigation
Theses

Semantic approaches for the meta-optimization of complex biomolecular networks

Résumé : Les modèles de la biologie des systèmes visent à comprendre le comportement d’une cellule à travers un réseau biomoléculaire complexe. Dans a littérature, la plupart des études ne se sont intéressés qu’à la modélisation des parties isolées du réseau biomoléculaire com les réseaux métaboliques, etc. Cependant, pour bien comprendre le comportement d’une cellule, nous devons modéliser et analyser le réseau biomoléculaire dans son ensemble. Les approches existantes ne répondent pas suffisamment à ces exigences. Dans ce projet de recherche,nous proposons une plate-forme qui permet aux biologistes de simuler les changements d’état des réseaux biomoléculaires dans le but de piloter leurs comportements et de les faire évoluer d’un état non désiré vers un état souhaitable. Cette plate-forme utilise des règles, des connaissances et de l’expérience, un peu comme celles que pourrait en tirer un biologiste expert. La plate-forme comprend quatre modules : un module de modélisation logique, un module de modélisation sémantique, un module de simulation qualitative à événements discrets etun module d’optimisation. Dans ce but, nous présentons d’abord une approche logique pour la modélisation des réseaux biomoléculaires complexes, incluant leurs aspects structurels, fonctionnels et comportementaux. Ensuite, nous proposons une approche sémantique basée sur quatre ontologies pour fournir une description riche des réseaux biomoléculaires et de leurs changements d’état. Ensuite, nous présentons une méthode de simulation qualitative à événements discrets pour simuler le comportement du réseau biomoléculaire dans le temps. Enfin, nous proposons une méthode d’optimisation multi-objectifs pour optimiser la transitabilité des réseaux biomoléculaires complexes dans laquelle nous prenons en compte différents critères tels que la minimisation du nombre de stimuli externes, la minimisation du coût de ces stimuli, la minimisation du nombre de noeuds cibles et la minimisation de l’inconfort du patient. En se fondant sur ces quatre contributions, un prototype appelé CBN-Simulateur a été développé. Nous décrivons nos approches et montrons leurs applications sur des études de cas réels, le bactériophage T4 gene 32, le phage lambda et le réseau de signalisation p53. Les résultats montrent que ces approches fournissent les éléments nécessaires pour modéliser, raisonner et analyser le comportement dynamique et les états de transition des réseaux biomoléculaires complexes.
Document type :
Theses
Complete list of metadatas

Cited literature [13 references]  Display  Hide  Download

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02168224
Contributor : Abes Star :  Contact
Submitted on : Friday, June 28, 2019 - 3:08:09 PM
Last modification on : Saturday, June 29, 2019 - 1:35:42 AM

File

Ayadi_Ali_2018_ED269.pdf
Version validated by the jury (STAR)

Identifiers

  • HAL Id : tel-02168224, version 1

Citation

Ali Ayadi. Semantic approaches for the meta-optimization of complex biomolecular networks. Quantitative Methods [q-bio.QM]. Université de Strasbourg; Institut supérieur de gestion (Tunis), 2018. English. ⟨NNT : 2018STRAD035⟩. ⟨tel-02168224⟩

Share

Metrics

Record views

106

Files downloads

68