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Theses

The distribution of CRISPR-Cas systems is affected by interactions with DNA repair pathways

Résumé : Les systèmes CRISPR-Cas confèrent aux bactéries une immunité adaptative contre les éléments génétiques mobiles jouant ainsi un rôle important dans l’évolution bactérienne. Cependant, moins de la moitié des génomes bactériens encodent des systèmes CRISPR-Cas ; cela, malgré la protection qu’ils confèrent et leur haut taux de transfert horizontal. Des hypothèses telles que le coût des phénomènes d’auto-immunité ou de posséder des défenses adaptatives plutôt qu’innées ont été mises en avant pour expliquer ce paradoxe. Je propose une nouvelle hypothèse complémentaire : le contexte génétique jouerait un rôle important dans la fixation d’un système CRISPR-Cas après son transfert. Plus précisément, j’ai étudié comment les interactions entre les systèmes de réparation de l’ADN et les CRISPR-Cas influencent la distribution de ces derniers. Pour cela, j’ai d’abord examiné finement la distribution des systèmes CRISPR-Cas dans les génomes bactériens. J’ai ensuite analysé les co-occurences des systèmes de réparation de l’ADN et des CRISPR-Cas et démontré l’existence d’associations positives et négatives entre eux. Enfin, je me suis concentrée sur une des associations négatives découvertes pour valider mes prédictions expérimentalement et comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents. Mes travaux permettent de mieux comprendre les interactions complexes entre systèmes de réparation de l’ADN et CRISPR-Cas et démontrent la nécessite d’accommodation des CRISPR-Cas à un contexte génétique pour être sélectionnés et maintenus dans les génomes bactériens.
Document type :
Theses
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-02131403
Contributor : Abes Star :  Contact
Submitted on : Thursday, May 16, 2019 - 12:20:37 PM
Last modification on : Saturday, July 11, 2020 - 4:43:50 AM

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va_Bernheim_Aude.pdf
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  • HAL Id : tel-02131403, version 1

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Aude Bernheim. The distribution of CRISPR-Cas systems is affected by interactions with DNA repair pathways. Genetics. Université Sorbonne Paris Cité, 2017. English. ⟨NNT : 2017USPCB070⟩. ⟨tel-02131403⟩

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