D. Bau, The three-dimensional folding of the-globin gene domain reveals formation of chromatin globules, Nat. Struct. Mol. Biol, vol.18, pp.11-24, 2011.

J. R. Dixon, Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions, Nature, vol.485, pp.376-380, 2012.

J. Dostie, Chromosome conformation capture carbon copy (5c): a massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements, 2006.
DOI : 10.1101/gr.5571506
URL : http://genome.cshlp.org/content/16/10/1299.full.pdf

, Genome Res, vol.16, pp.1299-1309

R. C. Gentleman, Bioconductor: open software development for computational biology and bioinformatics, Genome Biol, vol.5, p.0, 2004.

B. R. Lajoie, My5c: web tools for chromosome conformation capture studies, Nat. Methods, vol.6, pp.690-691, 2009.
DOI : 10.1038/nmeth1009-690
URL : http://europepmc.org/articles/pmc2859197?pdf=render

E. Lieberman-aiden, Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome, Science, vol.326, pp.289-293, 2009.

E. P. Nora, Spatial partitioning of the regulatory landscape of the x-inactivation centre, Nature, vol.485, pp.381-385, 2012.

M. Simonis, Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4c), Nat. Genet, vol.38, pp.1348-1354, 2006.

E. Yaffe and A. Tanay, Probabilistic modeling of hi-c contact maps eliminates systematic biases to characterize global chromosomal architecture, Nat. Genet, vol.43, pp.1059-1065, 2011.

Y. Zhang and R. P. Mccord, Spatial organization of the mouse genome and its role in recurrent chromosomal translocations, Cell, vol.148, pp.908-921, 2012.

E. De-wit and W. De-laat, A decade of 3C technologies: insights into nuclear organization, Genes Dev, vol.26, pp.11-24, 2012.

A. R. Barutcu, A. J. Fritz, K. Z. Sayyed, A. J. Van-wijnen, J. B. Lian et al., C-ing the genome: A compendium of chromosome conformation capture methods to study higher-order chromatin organization, J Cell Physiol, 2015.

E. Lieberman-aiden, N. L. Van-berkum, L. Williams, M. Imakaev, T. Ragoczy et al., Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome, Science, vol.326, issue.5950, pp.289-93, 2009.

W. Ma, F. Ay, C. Lee, G. Gulsoy, X. Deng et al., Fine-scale chromatin interaction maps reveal the cis-regulatory landscape of lincRNA genes in human cells, Nat Methods, vol.12, pp.71-79, 2015.

E. P. Nora, B. R. Lajoie, E. G. Schulz, L. Giorgetti, I. Okamoto et al., Spatial partitioning of the regulatory landscape of the x-inactivation centre, Nature, vol.485, issue.7398, pp.381-386, 2012.

J. R. Dixon, S. Selvaraj, F. Yue, A. Kim, Y. Li et al., Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions, Nature, vol.485, issue.7398, pp.376-80, 2012.

S. Rao, M. H. Huntley, N. C. Durand, S. Bochkov, J. T. Robinson et al., A 3d map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping, Cell, vol.159, issue.7, pp.1665-80, 2014.

F. Jin, Y. Li, J. R. Dixon, S. Selvaraj, Z. Ye et al., A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in human cells, Nature, vol.503, issue.7475, pp.290-294, 2013.

B. R. Lajoie, J. Dekker, and N. Kaplan, The hitchhiker's guide to hi-c analysis: Practical guidelines, Methods, vol.72, pp.65-75, 2015.

S. Heinz, C. Benner, N. Spann, E. Bertolino, Y. C. Lin et al., Simple combinations of lineage-determining transcription factors prime cis-regulatory elements required for macrophage and B cell identities, Mol Cell, vol.38, issue.4, pp.576-89, 2010.

. Hicup,

G. Castellano, L. Dily, F. , H. Pulido, A. Beato et al., Hi-Cpipe: a pipeline for high-throughput chromosome capture, Cold Spring Harbor Labs Journals, 2015.

W. Schmid-marc, M. W. Schmid, S. Grob, and U. Grossniklaus, HiCdat: a fast and easy-to-use Hi-C data analysis tool, BMC Bioinformatics, vol.16, p.277, 2015.

. Hicbox,

. Snpsplit,

T. S. Hsieh, A. Weiner, B. Lajoie, J. Dekker, N. Friedman et al., Mapping nucleosome resolution chromosome folding in yeast by micro-C, Cell, vol.162, issue.1, pp.108-127, 2015.

M. Imakaev, G. Fudenberg, P. Mccord, R. Naumova, N. Goloborodko et al., Iterative correction of hi-c data reveals hallmarks of chromosome organization, Nat Methods, vol.9, issue.10, pp.999-1003, 2012.

E. Yaffe and A. Tanay, Probabilistic modelling of Hi-C contact maps eliminates systematic biases to characterize global chromosomal architecture, Nat Genet, vol.43, issue.11, pp.1059-65, 2011.

M. Hu, K. Deng, S. Selvaraj, Z. Qin, B. Ren et al., HiCNorm: removing biases in Hi-C data via poisson regression, Bioinformatics, vol.28, issue.23, pp.3131-3134, 2012.

W. Li, K. Gong, Q. Li, A. F. Zhou, and X. J. , Hi-Corrector: a fast, scalable and memory-efficient package for normalizing large-scale hi-c data, Bioinformatics, vol.31, issue.6, pp.960-962, 2015.

A. Minajigi, J. E. Froberg, C. Wei, H. Sunwoo, B. Kesner et al., A comprehensive Xist interactome reveals cohesin repulsion and an RNA-directed chromosome conformation, Science, vol.349, issue.6245, p.2276, 2015.

X. Deng, W. Ma, V. Ramani, A. Hill, F. Yang et al., Bipartite structure of the inactive mouse X chromosome, Genome Biol, vol.16, p.152, 2015.

S. Selvaraj, J. R. Dixon, V. Bansal, and B. Ren, Whole-genome haplotype reconstruction using proximity-ligation ans shotgun sequencing, Nat Biotechnol, vol.31, issue.12, pp.1111-1119, 2013.

, Platinum Illumina Genomes Project

A. R. Quinlan and I. M. Hall, BEDTools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features, Bioinformatics, vol.26, issue.6, pp.841-843, 2010.

B. Langmead and S. L. Salzberg, Fast gapped-read alignment with Bowtie2, Nat Methods, vol.9, pp.357-366, 2012.

A. Cournac, H. Marie-nelly, M. Marbouty, R. Koszul, and J. Mozziconacci, Normalization of a chromosomal contact map, BMC Genomics, vol.13, p.436, 2012.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/pasteur-00769663

N. Servant, B. R. Lajoie, E. P. Nora, L. Giorgetti, C. J. Chen et al., Exploration of high-throughput 'C' experiments, Bioinformatics, vol.28, issue.21, pp.2843-2847, 2012.
DOI : 10.1093/bioinformatics/bts521
URL : https://academic.oup.com/bioinformatics/article-pdf/28/21/2843/16908978/bts521.pdf

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

. Intra-+-inter-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

. Inter-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

F. Ay and . William-s-noble, Analysis methods for studying the 3D architecture of the genome, Genome biology, vol.16, p.183, 2015.

A. R. Barutcu, A. J. Fritz, S. K. Zaidi, A. J. Vanwijnen, J. B. Lian et al., C-ing the Genome: A Compendium of Chromosome Conformation Capture Methods to Study Higher-Order Chromatin Organization, J. Cell. Physiol, 2015.

R. Beroukhim, X. Zhang, and M. Meyerson, Copy number alterations unmasked as enhancer hijackers, Nature genetics, vol.49, pp.5-6, 2016.

B. Bonev and G. Cavalli, Organization and function of the 3D genome, Nature reviews. Genetics, vol.17, pp.661-678, 2016.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01386805

. Britta-a-m-bouwman and . Wouter-de-laat, Getting the genome in shape: the formation of loops, domains and compartments, Genome biology, vol.16, p.154, 2015.

G. Ciriello, L. Martin, . Miller, Y. Blent-arman-aksoy, N. Senbabaoglu et al., Emerging landscape of oncogenic signatures across human cancers, Nature genetics, vol.45, pp.1127-1133, 2013.

A. Cournac, H. Marie-nelly, M. Marbouty, R. Koszul, and J. Mozziconacci, Normalization of a chromosomal contact map, BMC genomics, vol.13, p.436, 2012.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/pasteur-00769663

C. Wiuf and P. H. Stumpf, Binomial subsampling

S. Jesse-r-dixon, F. Selvaraj, A. Yue, Y. Kim, Y. Li et al., Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions, Nature, vol.485, pp.376-380, 2012.

I. Jesse-r-dixon, S. Jung, Y. Selvaraj, J. E. Shen, A. Y. Antosiewiczbourget et al., Chromatin architecture reorganization during stem cell differentiation, Nature, vol.518, pp.331-336, 2015.

I. Dunham, A. Kundaje, S. F. Aldred, P. J. Collins, C. A. Davis et al., Nature, vol.489, issue.7414, pp.57-74, 2012.

Y. William-a-flavahan, . Drier, B. Brian, S. M. Liau, A. S. Gillespie et al., Insulator dysfunction and oncogene activation in IDH mutant gliomas, Nature, vol.529, pp.110-114, 2016.

M. Franke, M. Daniel, G. Ibrahim, W. Andrey, V. Schwarzer et al., Ana Pombo, Martin Vingron, Francois Spitz, and Stefan Mundlos. Formation of new chromatin domains determines pathogenicity of genomic duplications, Nature, vol.538, pp.265-269, 2016.

S. Gröschel, A. Mathijs, R. Sanders, . Hoogenboezem, . Elzo-de-wit et al., Wouter de Laat, and Ruud Delwel. A single oncogenic enhancer rearrangement causes concomitant EVI1 and GATA2 deregulation in leukemia, Cell, vol.157, pp.369-381, 2014.

L. Harewood, K. Kishore, D. Matthew, S. Eldridge, D. Wingett et al., Hi-c as a tool for precise detection and characterisation of chromosomal rearrangements and copy number variation in human tumours, Genome biology, vol.18, p.125, 2017.

D. Hnisz, S. Abraham, . Weintraub, S. Daniel, A. Day et al., Activation of proto-oncogenes by disruption of chromosome neighborhoods, Science, vol.351, pp.1454-1458, 2016.

M. Hu, K. Deng, S. Selvaraj, Z. Qin, B. Ren et al., HiCNorm: removing biases in Hi-C data via Poisson regression, Bioinformatics, vol.28, issue.23, pp.3131-3133, 2012.

P. Hupé, . Stransky, . Thiery, E. Radvanyl, and . Barillot, GLAD: Gain and Loss Analysis of DNA. R package version, vol.2, 2011.

M. Imakaev, G. Fudenberg, R. P. Mccord, N. Naumova, A. Goloborodko et al., Iterative correction of Hi-C data reveals hallmarks of chromosome organization, Nat Methods, vol.9, pp.999-1003, 2012.

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

, C-ing the Genome: A Compendium of Chromosome Conformation Capture Methods to Study Higher-Order Chromatin Organization, Figure S14: MCF7 chromosome compartments-CAIC data Results of the compartment calling using CAIC normalized MCF7 data, 2015.

M. Franke, M. Daniel, G. Ibrahim, W. Andrey, V. Schwarzer et al., Martin Vingron, Francois Spitz, and Stefan Mundlos. Formation of new chromatin domains determines pathogenicity of genomic duplications, Nature, vol.538, pp.265-269, 2016.

M. Hu, K. Deng, S. Selvaraj, Z. Qin, B. Ren et al., HiCNorm: removing biases in Hi-C data via Poisson regression, Bioinformatics, vol.28, issue.23, pp.3131-3133, 2012.

D. Francois-le-dily, A. Bau, G. P. Pohl, F. Vicent, D. Serra et al., Distinct structural transitions of chromatin topological domains correlate with coordinated hormone-induced gene regulation, Genes & development, vol.28, pp.2151-2162, 2014.

T. Popova, E. Mani, D. Stoppa-lyonnet, G. Rigaill, E. Barillot et al., Genome alteration print (gap): a tool to visualize and mine complex cancer genomic profiles obtained by snp arrays, Genome biology, vol.10, p.128, 2009.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/inserm-00663915

S. S. Rao, M. H. Huntley, N. Durand, C. Neva, E. K. Stamenova et al., A 3D map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin v looping, Cell, vol.59, issue.7, pp.1665-1680, 2014.

N. Servant, B. R. Lajoie, E. P. Nora, L. Giorgetti, C. J. Chen et al., HiTC: exploration of high-throughput 'C' experiments, Bioinformatics, vol.28, issue.21, pp.2843-2844, 2012.

N. Servant, N. Varoquaux, B. R. Lajoie, E. Viara, C. J. Chen et al., HiC-Pro: an optimized and flexible pipeline for Hi-C data processing, Genome Biol, vol.16, p.259, 2015.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01246671

N. Data,

?. ?-???-?-???????-??-?-?-?-????-?-?-??-?-?-?-?-?-??????????????-?-??-??-?-?-?-?-??-?-?-???,

?. ?-??-??????????-??-?????-??-?-?,

?. ??????-??-?-??-???-???-?-???-??-??-??-??-?-???????-???-?-?-???????????-?-????-???????,

?. ??????-?-?-?-?-?-?-?-?-??????-???-?-?-?-?-?-?-???????-????-??-?-???-????-???-??-?-?-?-?-??-??-?-??-????????-?-?-???-??-??-??-?????????-??-?-????????-?-?-??-?-???-??-?-????-??-??-?-?-?-?-?-?-??-?????-?-?-????,

?. ?-?-?????-?-?????????-??-?-?-?-???????-??-?????-?????-?-?????-???-???,

?. ??????????????????-?-?-?????-?-?-???????????,

?. ?-??-?-????-?-???-?-?-?-?-?-?-???-??-???-??-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?????????????????????????????????????????????????????????????????????????????,

?. ??-???-?-??-?-?-?-??-?-?-?-?-?-?-???-?-?-???-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-??-??-?-?-?-?-?-?-?-?-??-??-?-??-?-?-?-?-?-?-???-?-?-??-?-?-??-?-?-?-?-???-?-?-?-??-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-???-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-??-?-?-?-?-?-?-?-?-?-??-?-??-?-?-?-??????????-??????????????-??-?-?-???-?-?-?-?-??-??-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?????-???-?-?-??-?-??-?-?-?-?-?????????????-?-??-?????-??-??-?-???-?????-????-???????,

?. ?-????-?????-??-?-?-?-?-??-?-?????-?-?-?????-?-?-????-?-??-?-?-?-???-??-???-??-?-??????????-???-?????-????-???-?-?-?-???,

?. ?-???-?-???-??????????-?-?-??????-?-??-?-?-??-??-?-?-??-?-???-????-?-?-??-?-???????-?-????-???-????-????-?-????-??????????????????????????-?-?-??-?-?-?-?-?-?-?-????-?-???-?-??-?-?-?-???-?-?-???-?-??-??????-??-?-?-??-?-???????-?-?-?-?-????-??-?-????????-??-??????????-?-?-?-?-??-?-??-???-?-?-??????????-?-??-??-???-?-?-????,

?. ???????-??-?-?-?????????-??-???-???????-??-?-??-?-??-?-?-?-?-?-?????-???-???-???-?-?-?-?-?-?-?-?-??-???-?-???-?-?-??-??-??-???,

?. ??-?-?-?-?-?-?-???-?-?-????-?-?-?-?-??-???-?-?-?-?-?-??-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-??-?-?-?-?-????-??-?-?-?-?-?-?-?-??-?-?-?-?-??????-?-??????-?-????????????????-?-???-?-?-?-?-??-?-?-?-?-?-?????-?-?-??-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-??-?-?-?????????-???????????-?-?-?-??-??-?-???-????-?-??-??????????-???-??-?-?-?-??-???-??????-?-?,

?. ??-?-?????????-??-?-????-?-????????-?-?-?-???-???-?-?-?-?-?-?-?-?-??????????????????-?-?-????????????-??-?-?-??-??-?-?-?-??-??-??????-???-?-????-???-?-?-?-??-?-?-?-?-?-?-?-????-?-?-??????-???????-??-?-?-?-??-?????-?-?-?-?-????-?-?-?-?-?-???-??,

?. ???-?-??-??-??-????-??????-????-??-?????-???-??,

?. ?-?????-????-??-?-????-?-?-??????-?-???-???-?-?-?-?-????-?-????-?-?-?-?-??-???-?????????????-?????-?-?-??-?-?-??-?????????-???-?-??-?-??-?-???-?-?-?-?-?-?????-?-?-?-?-????-?-??-?????-???????-?-??-???-?????-???????-?-?-?-??-????-???-??,

?. ?-????-????-?-??-?-?-?-???-?-??-??-???-?-?-?-??-?-???-?-??,

?. ?-?????-?-?-??-??????-??-?-?-??-???-?-?-??-??????????-???-???-?????????-?-??-?-?-?-????-??????-?-??-??-???-????????-?-?-??-????????-????-??-?-?????-?-?-???-?-?-??-?-?-?-????-?-?-?????,

?. ??????-?-??-?-???-??-?-?-???-??-????-?-??-?,

?. ??????????-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-??-??-?-??-?-??-?-??-?-??-?-??????????-???-?-?-?-???-?-???-?,

?. ?-?-???-?-??-??-?-?-?-?-???????????-?-?-?-?-?-??-????-????????-??-??-?-?-?-?????-?-?-?-?-?-???-?????????????????-?-????-????-?-?-?-??-?-?-??-?-?-???,

?. ?-??-???-????-???-?-?????-????????-??????-?-??-????-?-??-?-?-??-?-?-???-??-?-?,

?. ???-?-?-?-?-?-??-????-?-?-??-???-??-?-??-?-??-?-??-?-???-???????-???-?-?-?-?,

?. ?-?-??-?-???-????-??-??????-?,

?. ??-??????-?-???-?-??-?-?-?-?-????-?-?-?-?-??-???-?????????????-?????-?-?-??-?-?-??-?????????-???-?-??-?-??-?-???-?-?-?-?-?-?????-?-?-?-?-??????-??-?-?-?-??-?-?-??-?-?-??-?-???-?????-???-?????-?-?-?-?-??-???-?-??-???-????-????-?-??-?-?-?-?????-???-???-?-?-?-??-?-????,

?. ?-???-?-????-???-??-?-??-?-?-?-?-??-????-??-??????????-???-???-?????????-?-??-?-?-?-????-?????-?-?-??-??-???-?????-???-?-?-??-????????-????-??-?-?-?????????-??-??-?-?-?-?-??-?-?-?-????-?-??????-?-?-??-?-???-??-?-?-???-??-????-?-??-?,

?. ?-?????-??-??-?-?????-?-??????????,

?. ?-????-?-??-????-?-?-?-???????,

?. ?-??-???-??-??-?-?-?-?????-???-??-???????-??-?????-????-??????-?-?-?-??-??-?-??-?-?-??????-?,

?. ?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?-?,

?. ???????????-?-?-??-???,

?. ?-?-??-?-??-?-?-??-?-????-????-??-???-?-?-?-??-????????????-?-?-?,

?. ?-?-??-??-??-?-?-??-??-?-???-???-?-?-?-?-???-?????-????-??????-?-?-?-??-??-?-??-?-?-??????-?,

?. ???-??????-?????-?-?-??-?-?-?-????????-?-?-?-?-???-??,

?. ?-???????-??-?-?????-?-?????????????,

?. ?-?-???-??????-????-?-???-???????-???-?????-??-????-?-???????-?-?-???????,

?. ?-?-?-?-??-???-?-????-???-?????,

?. ??-??-?????-?-?-???-?-????-?-?-?-?-?-??-????????????-?-?-?,

?. ?-?-???-????-??????-??-??-????-???????-??-?????-????-??????-?-?-?-?-??-?-?-??-?-?-??????-?,

?. ?-?-???-?-?-?-?????????-?????-?-??-??-?-??????-???,

?. ???????????????-?????-?-???-?-???-?-???-??-?-???-???????????-?????-???-??-???-?-???-??-?-??-???-???-???????????-?-?????-??-????,

?. ?-?????????-???-??????-??-?????-?-???-???-??-?-???-?????????-???,

?. ??????-???????????????????-?-?-??????,

?. ?-??-?-??-??-?-??-?-??-?-??-?-??-?-??-??-?-??-?-??-?-??-?-???-??-??-?????????????-??-??-?-??-?-??-?-??-?-??-?-??-??-??,

?. ?-??-???-?-??-?-??-??-?-??-???-?-??-???-??????????????-???-?-????-?-??-???-???????,

?. ?-??-?-??-???-?-??-?-??-?-??-??,

?. ??-?-??-?-??-?-??-?-?????????????-?-????-?-???,

?. ??-?-??-?-??-??-?-??????????????????????,

?. ??????-??-?????-?-?????????-??-???, Normalization of Uveal Melanoma Hi-C data-Example of intrachromosomal contact maps on both uveal melanoma models (MP41/MP46), using different normalization approaches (raw data, ICE, LOIC, or CAIC normalized data). The Hi-C 1D profile (sum of genome-wide contacts) is represented below each contact maps. 3.3 Application to Uveal Melanoma Hi-C data on MP41 (Bap1 wildtype) and MP46 (Bap1 mutated) uveal melanoma tumors, and normal melanocytes, regardless their copy number profile. Figure 3.5: Chromosome compartment switches between Bap1 wiltype and mutated tumors.-Pie chart showing the fraction of compartment changes between normal melanocytes, MP41 and MP46 tumors. 'A' and 'B' represent the open/closed compartments, respectively. 'A? >B' represents compartments that swith from an open to a close state. 'B? >A' represents compartments that swith from a close to an open state, vol.3

C. Organization-;-li, Genes in gray are not expressed (TPM < 1). D. Status of Myc binding on the promoter of constitutive escapees (gray ; no Myc binding detected, red ; Myc binds both alleles, yellow ; Myc binding was detected in only one allele.) E. Status of Myc binding on the promoters of tumor specific escapees. F. Expression level of constitutive escapees. G. Expression level of tumor specific escapees. Genes with an expression value higher than 20 TPM are indicated. 4.2 Results Constitutive escapees (Xist, Kdm5C, Kdm6a, Eif2s3x,Ddx3x ) were globally highly expressed in all samples (Figure 4.4F), and are associated with Myc binding at their promoters on both alleles in liver tumors samples (Figure 4.4D). The Jpx (2010000i03rik ),Ftx (B230206F22Rik ) or 5530601H04Rik genes, which are frequently described as escapees, are not expressed in the normal XistKO sample (<1 TPM), whereas they are found lowly expressed in tumor samples (2.6 TPM in average). Interestingly, the Kdm6a gene (Utx, a histone demethylase) was found to no longer escape in the RC10 tumor sample. We defined as tumor-specific escapees those genes found as escapees in the Xi chromosome of tumor samples but not in normal XistKO samples (Figure 4.4B,C). We thus detected 37 tumor-specific escapees, mainly in the RC10/RC11 samples. Interestingly, 25 of these genes are not reported as known escapees, MOUSE LIVER TUMORS Figure 4.4: Constitutive and tumor-specific Xi escapees-A. Fraction of genes called as escapees in XistKO and tumor samples based on allele-specific expression ratios and allele-specific H3K27ac/H3K9ac histone marks.B, 2016.

-. For-chip and R. Giorgetti, First, using Hi-C data at 40Kb resolution, we investigated how TADs are organized in normal (XistKO) and Myc-induced tumor liver cells (Figure 4.5). In other mouse cell type, such as Neural Progenitro Cells (NPC), the Xa chromosome is structured in sub-megabase TADs and compartiments whereas the Xi chromosome globally presents no TADs or compartiments, normal XistKO and Myc-induced tumors, 2016.

, In the following analysis, we focused on TADs. In addition, to avoid any technical bias in Hi-C experiments, we generated new Hi-C data from NPC using exactly the same experimental protocol than for normal XistKO and Myc

C. Mouse, Insulation profiles of liver XistKO and tumor samples-Allele-specific Hi-C contact maps of short range contacts along the diagonal (40kb resolution). Active and inactive X chromosomes of each sample are represented, as well as the difference of insulation scores between both chromosomes, LIVER TUMORS Figure, vol.4

C. Organization, MOUSE LIVER TUMORS

, Allele-specific mapping In order to avoid biases in allele-specific analysis, all sequencing data (RNA-seq, ChIPseq, Hi-C) were processed using the same strategy and aligned on a N-masked reference genome. SNPs position and genotype between Bl6/Cast (XistKO) and FVB/Cast genomes were gathered from the Mouse Genome Project. The SNPsplit software, 2016.

K. , )) and the RefSeq gene annotation. Raw reads count were then transformed into Transcript Per Million (TPM) values to detect expressed (TPM>1) and non-expressed genes (TPM?1), All SNPs between parental genotypes were therefore replaced by a 'N' base on the reference genome in order to avoid mapping biases. All sequencing dataset were aligned on these N-masked genomes. RNA-seq reads were aligned with the Tophat software (v2.1.0, 2008.

. Wingett, Hi-C data were aligned on the N-masked reference genome and processed by the SNPsplit and HICUP pipelines, 2015.

C. Organization, Copy number profile of Tet-myc and XistKO liver samples-Copy number profiles have been extracted from Hi-C data as previously discussed. Briefly, Hi-C contact maps were summarized in 1D by summing up the contact of each genomic locus (250Kb resolution), Myc binding motifs on automosomes-Binding motifs detected on Myc ChIP-seq samples, vol.8

C. Organization, Red points represent X escapees detected in both RNA and ChIP-seq data. Blue (resp. green) points are ChIP-seq (resp. RNA) specific escapees. 4.5 Supplementary Figures Figure 4.11: Chromatin changes at the escapees loci-A. Exemple of the Kdm6a constitutive escapee. Hi-C profile are represented with insulation score (Iscore), H3K27ac, H3K9ac, H3K27me3, Myc, and gene expression profiles. UCSC view centered on the promoter of the gene. Histone profile from the Xa (green) and Xi (red) are superimposed. B. Same representation for two tumor specific escapees, MOUSE LIVER TUMORS Figure 4, vol.10

C. Organization, Hicplotter integrates genomic data with interaction matrices, MOUSE LIVER TUMORS References Kadir Caner Akdemir and Lynda Chin, vol.16, p.198, 2015.

C. Angelini and V. Costa, Understanding gene regulatory mechanisms by integrating chip-seq and rna-seq data: statistical solutions to biological problems. Frontiers in cell and developmental biology, vol.2, p.51, 2014.

A. Annunziato, Dna packaging: Nucleosomes and chromatin, Nature Education, vol.1, issue.1, p.26, 2008.

H. Ashoor, A. Hrault, A. Kamoun, F. Radvanyi, V. B. Bajic et al., Hmcan: a method for detecting chromatin modifications in cancer samples using chip-seq data, December 2013, vol.29, pp.2979-2986

S. Augui, P. Elphge, E. Nora, and . Heard, Regulation of x-chromosome inactivation by the x-inactivation centre, Nature reviews. Genetics, vol.12, pp.429-442, 2011.

F. Ay and . William-s-noble, Analysis methods for studying the 3d architecture of the genome, Genome biology, vol.16, p.101, 2015.

F. Ay, L. Timothy, W. Bailey, and . Noble, Statistical confidence estimation for hi-c data reveals regulatory chromatin contacts, Genome research, vol.24, pp.999-1011, 0198.

A. Barski, S. Cuddapah, K. Cui, T. Roh, D. E. Schones et al., High-resolution profiling of histone methylations in the human genome, Cell, vol.129, pp.823-837, 2007.

A. Barutcu, R. P. Bryan-r-lajoie, C. E. Mccord, D. Tye, T. L. Hong et al., Chromatin interaction analysis reveals changes in small chromosome and telomere clustering between epithelial and breast cancer cells, Genome biology, vol.16, p.187, 2015.

A. Barutcu, A. J. Fritz, K. Sayyed, A. J. Zaidi, J. B. Van-wijnen et al., C-ing the genome: A compendium of chromosome conformation capture methods to study higher-order chromatin organization, Journal of cellular physiology, vol.231, pp.31-35, 2016.

B. Stephen and P. Baylin, A decade of exploring the cancer epigenome-biological and translational implications, Nature reviews. Cancer, vol.11, pp.726-734, 2011.

Y. Benjamini, ;. Yoav, and . Hochberg, Controlling the false discovery rate: a practical and powerful approach to multiple testing, Journal of the Royal Statistical Society, vol.57, issue.1, p.289300, 0198.
DOI : 10.1111/j.2517-6161.1995.tb02031.x

F. Joel-b-berletch, C. M. Yang, and . Disteche, Escape from x inactivation in mice and humans, Genome biology, vol.11, p.213, 2010.

F. Joel-b-berletch, J. Yang, L. Xu, C. M. Carrel, and . Disteche, Genes that escape from x inactivation, Human genetics, vol.130, pp.237-245, 2011.

R. Beroukhim, X. Zhang, and M. Meyerson, Copy number alterations unmasked as enhancer hijackers, Nature genetics, vol.49, pp.5-6, 2016.
DOI : 10.1038/ng.3754

M. Bersanelli, E. Mosca, D. Remondini, E. Giampieri, C. Sala et al., Methods for the integration of multiomics data: mathematical aspects, BMC bioinformatics, vol.17, p.15, 2016.

A. Saul, . Bert, D. Mark-d-robinson, A. L. Strbenac, J. Z. Statham et al., Regional activation of the cancer genome by long-range epigenetic remodeling, Cancer cell, vol.23, pp.9-22, 2013.

S. Biswas and . Rao, Epigenetics in cancer: Fundamentals and beyond. Pharmacology & therapeutics, 2017.

V. Boeva, T. Popova, K. Bleakley, P. Chiche, J. Cappo et al., Control-freec: a tool for assessing copy number and allelic content using next-generation sequencing data, Bioinformatics, vol.28, pp.423-425, 2012.

B. Bonev and G. Cavalli, Organization and function of the 3d genome, Nature reviews. Genetics, vol.17, p.56, 2016.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01386805

M. Borensztein, L. Syx, K. Ancelin, P. Diabangouaya, C. Picard et al., Xist-dependent imprinted x inactivation and the early developmental consequences of its failure, Nature structural & molecular biology, vol.24, pp.226-233, 2017.

. Britta-a-m-bouwman and . Wouter-de-laat, Getting the genome in shape: the formation of loops, domains and compartments, Genome biology, vol.16, p.154, 2015.

S. Boyle, J. Gilchrist, N. Bridger, J. Mahy, W. Ellis et al., The spatial organization of human chromosomes within the nuclei of normal and emerin-mutant cells, Human molecular genetics, vol.10, pp.211-219, 2001.

R. Miguel, A. Branco, and . Pombo, Intermingling of chromosome territories in interphase suggests role in translocations and transcription-dependent associations, PLoS biology, vol.4, p.20, 2006.

. Richard-d-carvajal, K. Gary, T. Schwartz, B. Tezel, J. H. Marr et al., Metastatic disease from uveal melanoma: treatment options and future prospects, The British journal of ophthalmology, vol.101, pp.38-44, 2017.

A. Stephane-e-castel, P. Levy-moonshine, E. Mohammadi, T. Banks, and . Lappalainen, Tools and best practices for data processing in allelic expression analysis, Genome biology, vol.16, p.195, 2015.

J. Abraham-castro-mondragon, S. Jaeger, D. Thieffry, M. Thomas-chollier, and J. Van-helden, Rsat matrix-clustering: dynamic exploration and redundancy reduction of transcription factor binding motif collections, Nucleic acids research, vol.45, p.119, 2017.

R. Chaligné, T. Popova, M. Mendozaparra, M. Saleem, D. Gentien et al., The inactive x chromosome is epigenetically unstable and transcriptionally labile in breast cancer, Genome research, vol.25, p.172, 2015.

A. Chase, C. Nicholas, and . Cross, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research, vol.17, pp.2613-2618, 2011.

C. Chen, M. Blanco, C. Jackson, E. Aznauryan, N. Ollikainen et al., Xist recruits the x chromosome to the nuclear lamina to enable chromosome-wide silencing, Science, vol.354, pp.468-472, 2016.

A. Zhao-xia-chen and . Riggs, Dna methylation and demethylation in mammals, The Journal of biological chemistry, vol.286, pp.18347-18353, 2011.

J. Susan and . Clark, Action at a distance: epigenetic silencing of large chromosomal regions in carcinogenesis, Human molecular genetics, vol.16, pp.88-95, 2007.

R. Corces, . Victor, and . Corces, The three-dimensional cancer genome. Current opinion in genetics & development, vol.36, p.39, 2016.

A. Cournac, R. Koszul, and J. Mozziconacci, The 3d folding of metazoan genomes correlates with the association of similar repetitive elements. Nucleic acids research, vol.44, pp.245-255, 2016.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01294687

E. Crane, Q. Bian, R. P. Mccord, . Bryan-r-lajoie, S. Bayly et al., Condensin-driven remodelling of x chromosome topology during dosage compensation, Nature, vol.523, p.176, 2015.

T. Cremer and C. Cremer, Rise, fall and resurrection of chromosome territories: a historical perspective. part ii. fall and resurrection of chromosome territories during the 1950s to 1980s. part iii. chromosome territories and the functional nuclear architecture: experiments and models from the 1990s to the present, European journal of histochemistry, vol.50, p.17, 2006.

T. Cremer and C. Cremer, Rise, fall and resurrection of chromosome territories: a historical perspective. part i. the rise of chromosome territories, European journal of histochemistry : EJH, vol.50, pp.161-176, 2006.

T. Cremer and M. Cremer, Chromosome territories. Cold Spring Harbor perspectives in biology, vol.2, p.3889, 2010.
DOI : 10.1101/cshperspect.a003889
URL : http://europepmc.org/articles/pmc2829961?pdf=render

J. Croft, J. Bridger, . Boyle, . Perry, W. Teague et al., Differences in the localization and morphology of chromosomes in the human nucleus, The Journal of cell biology, vol.145, pp.1119-1131, 1999.

W. Ct and J. Morris, Genes, genetics, and epigenetics: a correspondence, Science, vol.293, pp.1103-1105, 2001.

R. Dali and M. Blanchette, A critical assessment of topologically associating domain prediction tools, Nucleic acids research, vol.45, pp.2994-3005, 2017.

C. Dang, L. M-resar, . Emison, . Kim, J. Li et al., Function of the cmyc oncogenic transcription factor. Experimental cell research, vol.253, pp.63-77, 1999.

M. H. Emily-m-darrow, O. Huntley, E. K. Dudchenko, N. C. Stamenova, Z. Durand et al., Deletion of dxz4 on the human inactive x chromosome alters higher-order genome architecture, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol.113, pp.4504-4512, 2016.

J. Davies, M. Jelena, . Telenius, J. Simon, N. A. Mcgowan et al., Multiplexed analysis of chromosome conformation at vastly improved sensitivity, Nature methods, vol.13, p.97, 2016.

J. Davies, M. Oudelaar, R. Douglas, J. R. Higgs, and . Hughes, How best to identify chromosomal interactions: a comparison of approaches, Nature methods, vol.14, pp.125-134, 2017.

. Elzo-de-wit and . Wouter-de-laat, A decade of 3c technologies: insights into nuclear organization, Genes & development, vol.26, pp.11-24, 2012.

J. Dekker, The three 'c' s of chromosome conformation capture: controls, controls, controls, Nature methods, vol.3, pp.17-21, 2006.

J. Dekker, Mapping the 3d genome: Aiming for consilience, November 2016, vol.17, pp.741-742

J. Dekker and E. Heard, Structural and functional diversity of topologically associating domains. FEBS letters, vol.589, p.22, 2015.

J. Dekker, K. Rippe, M. Dekker, and N. Kleckner, Capturing chromosome conformation, Science, vol.295, p.49, 2002.
DOI : 10.1126/science.1067799

X. Deng, W. Ma, V. Ramani, A. Hill, F. Yang et al., Bipartite structure of the inactive mouse x chromosome, Genome biology, vol.16, p.170, 2015.

A. Denker and . Wouter-de-laat, The second decade of 3c technologies: detailed insights into nuclear organization, Genes & development, vol.30, pp.1357-1382, 2016.

V. Dileep, F. Ay, J. Sima, L. Daniel, . Vera et al., Topologically associating domains and their long-range contacts are established during early g1 coincident with the establishment of the replication-timing program. Genome research, vol.25, pp.1104-1113, 2015.

M. Dillies, A. Rau, J. Aubert, C. Hennequet-antier, M. Jeanmougin et al., A comprehensive evaluation of normalization methods for illumina highthroughput rna sequencing data analysis, Briefings in bioinformatics, vol.14, pp.671-683, 2013.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01521274

S. Jesse-r-dixon, F. Selvaraj, A. Yue, Y. Kim, Y. Li et al., Topological domains in mammalian genomes identified by analysis of chromatin interactions, Nature, vol.485, p.194, 2012.

I. Jesse-r-dixon, S. Jung, Y. Selvaraj, J. E. Shen, A. Y. Antosiewicz-bourget et al., Chromatin architecture reorganization during stem cell differentiation, Nature, vol.518, p.187, 2015.

J. Dostie, . Todd-a-richmond, A. Ramy, R. R. Arnaout, . Selzer et al., Chromosome conformation capture carbon copy (5c): a massively parallel solution for mapping interactions between genomic elements, Genome research, vol.16, p.49, 2006.

C. Neva, J. T. Durand, M. S. Robinson, I. Shamim, J. P. Machol et al., Juicebox provides a visualization system for hi-c contact maps with unlimited zoom, Cell systems, vol.3, p.99, 2016.

C. Neva, M. S. Durand, I. Shamim, . Machol, S. Suhas et al., Juicer provides a one-click system for analyzing loop-resolution hi-c experiments, Cell systems, vol.3, p.100, 2016.

O. Elemento, D. Mark-a-rubin, and . Rickman, Oncogenic transcription factors as master regulators of chromatin topology: a new role for erg in prostate cancer, September 2012, vol.11, pp.3380-3383

A. Jesse-m-engreitz, P. Pandya-jones, A. Mcdonel, K. Shishkin, C. Sirokman et al., The xist lncrna exploits three-dimensional genome architecture to spread across the x chromosome, Science, vol.341, p.1237973, 2013.

M. Esteller, Epigenetics in cancer. The New England journal of medicine, vol.358, pp.1148-1159, 2008.

O. Maria-e-figueroa, C. Abdel-wahab, . Lu, S. Patrick, J. Ward et al., Leukemic idh1 and idh2 mutations result in a hypermethylation phenotype, disrupt tet2 function, and impair hematopoietic differentiation, Cancer cell, vol.18, pp.553-567, 2010.

D. Filippova and R. Patro, Geet Duggal, and Carl Kingsford. Identification of alternative topological domains in chromatin, Algorithms for molecular biology : AMB, vol.9, p.14, 2014.

M. K. Galina-n-filippova, J. M. Cheng, J. Moore, Y. J. Truong, D. K. Hu et al., Boundaries between chromosomal domains of x inactivation and escape bind ctcf and lack cpg methylation during early development, Developmental cell, vol.8, pp.31-42, 2005.

D. Lee-e-finlan, I. Sproul, S. Thomson, E. Boyle, P. Kerr et al., Recruitment to the nuclear periphery can alter expression of genes in human cells, PLoS genetics, vol.4, p.1000039, 2008.

Y. William-a-flavahan, . Drier, B. Brian, S. M. Liau, A. S. Gillespie et al., Insulator dysfunction and oncogene activation in idh mutant gliomas, Nature, vol.529, pp.110-114, 2016.

E. William-a-flavahan, B. E. Gaskell, and . Bernstein, Epigenetic plasticity and the hallmarks of cancer, Science, p.357, 2017.

M. Forcato, C. Nicoletti, K. Pal, C. M. Livi, F. Ferrari et al., Comparison of computational methods for hi-c data analysis, Nature methods, vol.65, p.66, 2017.

J. , P. Fortin, and . Kasper-d-hansen, Reconstructing a/b compartments as revealed by hi-c using longrange correlations in epigenetic data, Genome biology, vol.16, p.180, 2015.

E. Mario-f-fraga, A. Ballestar, M. Villar-garea, J. Boix-chornet, G. Espada et al., Jenuwein, and Manel Esteller. Loss of acetylation at lys16 and trimethylation at lys20 of histone h4 is a common hallmark of human cancer, Nature genetics, vol.37, pp.391-400, 2005.

M. Franke, M. Daniel, G. Ibrahim, W. Andrey, V. Schwarzer et al., Formation of new chromatin domains determines pathogenicity of genomic duplications, Nature, vol.538, p.191, 2016.

J. Fraser, C. Ferrai, A. M. Chiariello, M. Schueler, T. Rito et al., Hierarchical folding and reorganization of chromosomes are linked to transcriptional changes in cellular differentiation, Molecular systems biology, vol.11, 2015.

P. Fraser and W. Bickmore, Nuclear organization of the genome and the potential for gene regulation, Nature, vol.447, pp.413-417, 2007.

G. Fudenberg and L. A. Mirny, Higher-order chromatin structure: bridging physics and biology. Current opinion in genetics & development, vol.22, p.63, 2012.

G. Fudenberg, M. Imakaev, C. Lu, A. Goloborodko, N. Abdennur et al., Formation of chromosomal domains by loop extrusion, Cell reports, vol.15, p.185, 2016.

J. Melissa, M. H. Fullwood, Y. Liu, J. Fu-pan, H. Liu et al., An oestrogenreceptor-alpha-bound human chromatin interactome, Nature, vol.462, p.49, 2009.

M. Gabay, Y. Li, and D. W. Felsher, Myc activation is a hallmark of cancer initiation and maintenance. Cold Spring Harbor perspectives in medicine, vol.4, 2014.

A. Gendrel, M. Attia, C. Chen, P. Diabangouaya, N. Servant et al., Developmental dynamics and disease potential of random monoallelic gene expression. Developmental cell, vol.28, pp.366-380, 2014.

H. Johan, J. Gibcus, and . Dekker, The hierarchy of the 3d genome, Molecular cell, vol.49, pp.773-782, 2013.

L. Giorgetti and E. Heard, Closing the loop: 3c versus dna fish, Genome biology, vol.17, p.215, 2016.

L. Giorgetti, R. Galupa, P. Elphge, T. Nora, F. Piolot et al., Predictive polymer modeling reveals coupled fluctuations in chromosome conformation and transcription, Cell, vol.157, pp.950-963, 2014.

L. Giorgetti, A. C. Bryan-r-lajoie, M. Carter, Y. Attia, J. Zhan et al., Structural organization of the inactive x chromosome in the mouse, Nature, vol.535, p.195, 2016.

S. Goetze, J. Mateos-langerak, J. Hinco, . Gierman, O. Wim-de-leeuw et al., The three-dimensional structure of human interphase chromosomes is related to the transcriptome map, Molecular and cellular biology, vol.27, pp.4475-4487, 2007.

M. Grunstein, Histone acetylation in chromatin structure and transcription, Nature, vol.389, pp.349-352, 1997.

J. Harbour, The genetics of uveal melanoma: an emerging framework for targeted therapy, Pigment cell & melanoma research, vol.25, pp.171-181, 2012.

J. Harbour, E. Michael-d-onken, S. Roberson, L. Duan, L. A. Cao et al., Cynthia Helms, and Anne M Bowcock. Frequent mutation of bap1 in metastasizing uveal melanomas. Science, vol.330, pp.1410-1413, 2010.

R. Hawkins, C. Gary, . Hon, Q. Leonard-k-lee, R. Ngo et al., Distinct epigenomic landscapes of pluripotent and lineage-committed human cells, Cell stem cell, vol.6, pp.479-491, 2010.

E. Heard and C. M. Disteche, Dosage compensation in mammals: fine-tuning the expression of the x chromosome, Genes & development, vol.20, pp.1848-1867, 2006.

S. Heerboth, K. Lapinska, N. Snyder, M. Leary, S. Rollinson et al., Use of epigenetic drugs in disease: an overview, Genetics & epigenetics, vol.6, pp.9-19, 2014.

E. Heitz, as heterochromatin der moose, Jb Wiss Bot, vol.69, issue.4, pp.762-818, 1928.

J. Herman, . Merlo, R. Mao, J. Lapidus, N. Issa et al., Inactivation of the cdkn2/p16/mts1 gene is frequently associated with aberrant dna methylation in all common human cancers. Cancer research, vol.55, pp.4525-4530, 1995.

K. Victoria, J. Hill, T. Kim, and . Waldman, Cohesin mutations in human cancer. Biochimica et biophysica acta, vol.1866, p.40, 2016.

D. Hnisz, S. Abraham, . Weintraub, S. Daniel, A. Day et al., Activation of proto-oncogenes by disruption of chromosome neighborhoods, Science, vol.351, pp.1454-1458, 2016.

H. Andrea, . Horakova, C. Shawn, C. R. Moseley, D. C. Mclaughlin et al., The macrosatellite dxz4 mediates ctcf-dependent long-range intrachromosomal interactions on the human inactive x chromosome, Human molecular genetics, vol.21, pp.4367-4377, 2012.

C. Hou, L. Li, . Zhaohui-s-qin, . Victor, and . Corces, Gene density, transcription, and insulators contribute to the partition of the drosophila genome into physical domains, Molecular cell, vol.48, pp.471-484, 2012.

A. Tsung-han-s-hsieh, B. Weiner, J. Lajoie, N. Dekker, O. Friedman et al., Mapping nucleosome resolution chromosome folding in yeast by microc, Cell, vol.162, p.96, 2015.

M. Hu, K. Deng, S. Selvaraj, Z. Qin, B. Ren et al., Hicnorm: removing biases in hi-c data via poisson regression, Bioinformatics, vol.28, p.147, 2012.

J. Huang, E. Marco, L. Pinello, and G. Yuan, Predicting chromatin organization using histone marks, Genome biology, vol.16, p.162, 2015.

N. Jim-r-hughes, S. Roberts, D. Mcgowan, E. Hay, M. Giannoulatou et al., Analysis of hundreds of cis-regulatory landscapes at high resolution in a single, high-throughput experiment, Nature genetics, vol.46, p.49, 2014.

G. References-maxim-imakaev, R. P. Fudenberg, N. Mccord, A. Naumova, . Goloborodko et al., Iterative correction of hi-c data reveals hallmarks of chromosome organization, Nature methods, vol.9, p.196, 2012.

G. Maxim-v-imakaev, L. A. Fudenberg, and . Mirny, Modeling chromosomes: Beyond pretty pictures. FEBS letters, vol.589, pp.3031-3036, 2015.

F. Jin, Y. Li, J. R. Dixon, S. Selvaraj, Z. Ye et al., A high-resolution map of the three-dimensional chromatin interactome in human cells, Nature, vol.503, p.186, 2013.

A. Peter and . Jones, Functions of dna methylation: islands, start sites, gene bodies and beyond, Nature reviews. Genetics, vol.13, pp.484-492, 2012.

P. Jovanovic, M. Mihajlovic, J. Djordjevicjocic, S. Vlajkovic, S. Cekic et al., Ocular melanoma: an overview of the current status, International journal of clinical and experimental pathology, vol.6, pp.1230-1244, 2013.

N. Jger, M. Schlesner, T. David, S. Jones, J. Raffel et al., Hypermutation of the inactive x chromosome is a frequent event in cancer, Christoph Plass, Reiner Siebert, Andreas Trumpp, vol.155, pp.567-581, 2013.

S. Kadauke, . Gerd, and . Blobel, Mitotic bookmarking by transcription factors, Epigenetics & chromatin, vol.6, p.6, 2013.

J. J. Michael-h-kagey, S. Newman, Y. Bilodeau, . Zhan, A. David et al., Mediator and cohesin connect gene expression and chromatin architecture, Nature, vol.467, pp.430-435, 2010.

R. Kalhor, H. Tjong, N. Jayathilaka, F. Alber, and L. Chen, Genome architectures revealed by tethered chromosome conformation capture and population-based modeling, Nature biotechnology, vol.30, p.49, 2011.

R. Katainen, K. Dave, E. Pitknen, K. Palin, T. Kivioja et al., Ctcf/cohesin-binding sites are frequently mutated in cancer, Nature genetics, vol.47, pp.818-821, 2015.

D. Kim, G. Pertea, C. Trapnell, H. Pimentel, R. Kelley et al., Tophat2: accurate alignment of transcriptomes in the presence of insertions, deletions and gene fusions, Genome biology, vol.14, p.36, 2013.

O. Jan, C. Korbel, and . Lee, Genome assembly and haplotyping with hi-c, Nature biotechnology, vol.31, pp.1099-1101, 2013.

R. and Y. Lorch, Twenty-five years of the nucleosome, fundamental particle of the eukaryote chromosome, Cell, vol.98, pp.285-294, 1999.

T. Kouzarides, Chromatin modifications and their function, Cell, vol.128, p.10, 2007.

P. Theresia-r-kress, L. Pellanda, V. Pellegrinet, P. Bianchi, M. Nicoli et al., Identification of myc-dependent transcriptional programs in oncogeneaddicted liver tumors, Cancer research, vol.76, p.162, 2016.

H. Peter, . Krijger, and . Wouter-de-laat, Identical cells with different 3d genomes; cause and consequences? Current opinion in genetics & development, vol.23, pp.191-196, 2013.

P. Hugo, L. Krijger, and . Wouter-de-laat, Regulation of disease-associated gene expression in the 3d genome, December 2016, vol.17, p.44

F. Krueger, . Simon, and . Andrews, Snpsplit: Allele-specific splitting of alignments between genomes with known snp genotypes, 1000.

M. Kulis and M. Esteller, Dna methylation and cancer, Advances in genetics, vol.70, pp.27-56, 2010.

A. Kenig, T. Linhart, K. Schlengemann, K. Reutlinger, J. Wegele et al., Nfat-induced histone acetylation relay switch promotes c-myc-dependent growth in pancreatic cancer cells, Gastroenterology, vol.138, pp.1189-99, 2010.

W. Lindsay-m-lafave, R. Bguelin, M. Koche, B. Teater, A. Spitzer et al., Loss of bap1 function leads to ezh2-dependent transformation, Nature medicine, vol.21, pp.1344-1349, 2015.

J. Bryan-r-lajoie, N. Dekker, and . Kaplan, The hitchhiker's guide to hi-c analysis: practical guidelines, Methods, vol.72, p.68, 2015.

B. Langmead, . Steven, and . Salzberg, Fast gapped-read alignment with bowtie 2, Nature methods, vol.9, pp.357-359, 2012.

D. Franois-le-dily, A. Ba, G. P. Pohl, F. Vicent, D. Serra et al., Distinct structural transitions of chromatin topological domains correlate with coordinated hormone-induced gene regulation, Genes & development, vol.28, pp.2151-2162, 2014.

J. Lu, Targeted mutagenesis of tsix leads to nonrandom x inactivation, Cell, vol.99, pp.47-57, 1999.

J. Timothy, L. Ley, . Ding, J. Matthew, . Walter et al., Dnmt3a mutations in acute myeloid leukemia, The New England journal of medicine, vol.363, pp.2424-2433, 2010.

E. Li and Y. Zhang, Dna methylation in mammals. Cold Spring Harbor perspectives in biology, vol.6, p.19133, 2014.

G. Li, L. Cai, H. Chang, P. Hong, Q. Zhou et al., Chromatin interaction analysis with paired-end tag (chia-pet) sequencing technology and application, BMC genomics, vol.15, issue.S11, 2014.

X. Li, X. Cui, J. Wang, Y. Wang, Y. Li et al., Generation and application of mouse-rat allodiploid embryonic stem cells, Cell, vol.164, p.167, 2016.

X. Li, O. J. Luo, P. Wang, M. Zheng, D. Wang et al., Long-read chia-pet for base-pairresolution mapping of haplotype-specific chromatin interactions, Nature protocols, vol.12, pp.899-915, 2017.

Y. Liao, K. Gordon, W. Smyth, and . Shi, featurecounts: an efficient general purpose program for assigning sequence reads to genomic features, Bioinformatics, vol.30, pp.923-930, 2014.

E. Lieberman-aiden, L. Nynke-l-van-berkum, M. Williams, T. Imakaev, A. Ragoczy et al., Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome, vol.326, p.79, 2009.

J. Charles-y-lin, . Lovn, R. M. Peter-b-rahl, C. B. Paranal, J. E. Burge et al., Transcriptional amplification in tumor cells with elevated c-myc, September 2012, vol.151, pp.56-67

T. Aaron, G. Lun, and . Smyth, diffhic: a bioconductor package to detect differential genomic interactions in hi-c data, BMC bioinformatics, vol.16, p.258, 2015.

M. Lyon, Gene action in the x-chromosome of the mouse (mus musculus l.), Nature, vol.190, pp.372-373, 1961.

. Mary-f-lyon, The lyon and the line hypothesis, Seminars in cell & developmental biology, vol.14, pp.313-318, 2003.

W. Ma, F. Ay, C. Lee, G. Gulsoy, X. Deng et al., Fine-scale chromatin interaction maps reveal the cis-regulatory landscape of human lincrna genes, Nature methods, vol.12, p.96, 2015.

E. Maclary, M. Hinten, C. Harris, and S. Kalantry, Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology, vol.21, pp.601-614, 2013.

W. References, T. B. Mak, M. Nesterova, R. De-napoles, S. Appanah et al., Reactivation of the paternal x chromosome in early mouse embryos, Science, vol.303, pp.666-669, 2004.

R. Margueron and D. Reinberg, The polycomb complex prc2 and its mark in life, Nature, vol.469, pp.343-349, 2011.

H. Marks, C. Jennifer, S. Chow, K. Denissov, N. Franoijs et al., High-resolution analysis of epigenetic changes associated with x inactivation. Genome research, vol.19, pp.1361-1373, 2009.

. Karen-j-meaburn, Spatial genome organization and its emerging role as a potential diagnosis tool, Frontiers in genetics, vol.7, p.134, 2016.

T. Karen-j-meaburn, E. Misteli, and . Soutoglou, Spatial genome organization in the formation of chromosomal translocations, Seminars in cancer biology, vol.17, pp.80-90, 2007.

M. Merkenschlager, . Elphge, and . Nora, Ctcf and cohesin in genome folding and transcriptional gene regulation. Annual review of genomics and human genetics, vol.17, pp.17-43, 2016.

E. Meshorer, D. Yellajoshula, E. George, J. Peter, . Scambler et al., Hyperdynamic plasticity of chromatin proteins in pluripotent embryonic stem cells, Developmental cell, vol.10, pp.105-116, 2006.

B. Mifsud, F. Tavares-cadete, A. N. Young, R. Sugar, S. Schoenfelder et al., Mapping long-range promoter contacts in human cells with highresolution capture hi-c, Nature genetics, vol.47, p.49, 2015.

B. Mifsud, I. Martincorena, E. Darbo, R. Sugar, S. Schoenfelder et al., Gothic, a probabilistic model to resolve complex biases and to identify real interactions in hi-c data, PloS one, vol.12, p.174744, 2017.

F. Morrish and C. Giedt, and David Hockenbery. c-myc apoptotic function is mediated by nrf-1 target genes, Genes & development, vol.17, pp.240-255, 2003.

R. Mourad and O. Cuvier, Predicting the spatial organization of chromosomes using epigenetic data, Genome biology, vol.16, p.182, 2015.

A. J. Maxwell-r-mumbach, R. A. Rubin, C. Flynn, . Dai, A. Paul et al., Hichip: efficient and sensitive analysis of proteindirected genome architecture, Nature methods, vol.13, p.196, 2016.

M. Catherine-a-musselman, J. Lalonde, T. G. Ct, and . Kutateladze, Perceiving the epigenetic landscape through histone readers. Nature structural & molecular biology, vol.19, pp.1218-1227, 2012.

T. Nagano, Y. Lubling, T. J. Stevens, S. Schoenfelder, E. Yaffe et al., Single-cell hi-c reveals cell-to-cell variability in chromosome structure, Nature, vol.502, p.197, 2013.

T. Nagano, C. Vrnai, S. Schoenfelder, B. Javierre, P. Steven-w-wingett et al., Comparison of hi-c results using in-solution versus innucleus ligation, Genome biology, vol.16, p.175, 2015.

T. Nagano, Y. Lubling, C. Vrnai, C. Dudley, W. Leung et al., Cell-cycle dynamics of chromosomal organization at single-cell resolution, Nature, vol.547, pp.61-67, 2017.

V. Narendra, P. P. Rocha, D. An, R. Raviram, J. A. Skok et al., Ctcf establishes discrete functional chromatin domains at the hox clusters during differentiation, Science, vol.347, p.27, 2015.

N. Naumova and J. Dekker, Integrating onedimensional and three-dimensional maps of genomes, Journal of cell science, vol.123, pp.1979-1988, 2010.

N. Naumova, M. Imakaev, G. Fudenberg, Y. Zhan, L. A. Bryan-r-lajoie et al., Organization of the mitotic chromosome. Science, vol.342, p.63, 2013.

P. Elphge, . Nora, E. G. Bryan-r-lajoie, L. Schulz, I. Giorgetti et al., Spatial partitioning of the regulatory landscape of the x-inactivation centre, Nature, vol.485, p.187, 2012.

P. Elphge, A. Nora, A. Goloborodko, J. Valton, A. Gibcus et al., Targeted degradation of ctcf decouples local insulation of chromosome domains from higher order genomic compartmentalization, BioRxiv, 2016.

A. Elphge-p-nora, A. Goloborodko, J. H. Valton, A. Gibcus, N. Uebersohn et al., Targeted degradation of ctcf decouples local insulation of chromosome domains from genomic compartmentalization, Cell, vol.169, p.187, 2017.

C. Paul-a-northcott, T. Lee, A. M. Zichner, S. Sttz, D. Erkek et al., Enhancer hijacking activates gfi1 family oncogenes in medulloblastoma, Andreas von Deimling, vol.511, pp.428-434, 2014.

F. Nmati, X. Sastre-garau, C. Laurent, J. Couturier, P. Mariani et al., Establishment and characterization of a panel of human uveal melanoma xenografts derived from primary and/or metastatic tumors. Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research, vol.16, pp.2352-2362, 2010.

A. Nmeth, A. Conesa, J. Santoyo-lopez, I. Medina, D. Montaner et al., Initial genomics of the human nucleolus, PLoS genetics, vol.6, p.1000889, 2010.

C. Ong, . Victor, and . Corces, Ctcf: an architectural protein bridging genome topology and function, Nature reviews. Genetics, vol.15, pp.234-246, 2014.

P. Oudet, P. Gross-bellard, and . Chambon, Electron microscopic and biochemical evidence that chromatin structure is a repeating unit, Cell, vol.4, pp.281-300, 1975.

. Luis-a-parada, T. Philip-g-mcqueen, and . Misteli, Tissuespecific spatial organization of genomes, Genome biology, vol.5, p.44, 2004.

J. E. Phillips-cremins, E. Michael, A. Sauria, T. I. Sanyal, . Gerasimova et al., Architectural protein subclasses shape 3d organization of genomes during lineage commitment, Cell, vol.153, p.184, 2013.

T. Benjamin-d-pope, V. Ryba, F. Dileep, W. Yue, O. Wu et al., Topologically associating domains are stable units of replication-timing regulation, Nature, vol.515, p.184, 2014.

A. Portela and M. Esteller, Epigenetic modifications and human disease, Nature biotechnology, vol.28, p.14, 2010.

J. A. Rebecca-c-poulos, Y. Thoms, A. Fang-guan, J. E. Unnikrishnan, J. Pimanda et al., Functional mutations form at ctcf-cohesin binding sites in melanoma due to uneven nucleotide excision repair across the motif, Cell reports, vol.17, pp.2865-2872, 2016.

R. Aaron, I. Quinlan, and . Hall, Bedtools: a flexible suite of utilities for comparing genomic features, Bioinformatics, vol.26, pp.841-842, 2010.

V. Ramani, J. Shendure, and Z. Duan, Understanding spatial genome organization: Methods and insights, proteomics & bioinformatics, vol.14, p.49, 2016.

V. Ramani, X. Deng, R. Qiu, K. L. Gunderson, J. Frank et al., Massively multiplex single-cell hi-c, Nature methods, vol.14, pp.263-266, 2017.

S. Suhas, M. H. Rao, N. C. Huntley, E. K. Durand, . Stamenova et al., A 3d map of the human genome at kilobase resolution reveals principles of chromatin looping, Cell, vol.159, p.191, 2014.

. Keith-d-robertson, Dna methylation and human disease, Nature reviews. Genetics, vol.6, pp.597-610, 2005.

S. Ropero and M. Esteller, The role of histone deacetylases (hdacs) in human cancer, Molecular oncology, vol.1, pp.19-25, 2007.

L. A. David-m-roy, T. Walsh, and . Chan, Driver mutations of cancer epigenomes, Protein & cell, vol.5, p.14, 2014.

T. Ryba, I. Hiratani, J. Lu, M. Itoh, M. Kulik et al., Evolutionarily conserved replication timing profiles predict long-range chromatin interactions and distinguish closely related cell types, Genome research, vol.20, pp.761-770, 2010.

A. Sab and B. Amati, Genome recognition by myc. Cold Spring Harbor perspectives in medicine, vol.4, 2014.

D. Anthony, M. Schmitt, I. Hu, Z. Jung, Y. Xu et al., A compendium of chromatin contact maps reveals spatially active regions in the human genome, Cell reports, vol.17, p.67, 2016.

B. Yuri, V. Schwartz, and . Pirrotta, A new world of polycombs: unexpected partnerships and emerging functions, Nature reviews. Genetics, vol.14, pp.853-864, 2013.

D. Schbeler, Function and information content of dna methylation, Nature, vol.517, pp.321-326, 2015.

A. J. Vlad-c-seitan, Y. Faure, R. P. Zhan, . Mccord, E. Bryan-r-lajoie et al., Cohesin-based chromatin interactions enable regulated gene expression within preexisting architectural compartments, Genome research, vol.23, p.27, 2013.

N. Servant, . Bryan-r-lajoie, P. Elphge, L. Nora, C. Giorgetti et al., Hitc: exploration of high-throughput 'c' experiments, Bioinformatics, vol.28, p.177, 2012.

T. Sexton, H. Schober, P. Fraser, and S. M. Gasser, Gene regulation through nuclear organization. Nature structural & molecular biology, vol.14, pp.1049-1055, 2007.

T. Sexton, S. Kurukuti, J. A. Mitchell, D. Umlauf, T. Nagano et al., Sensitive detection of chromatin coassociations using enhanced chromosome conformation capture on chip, Nature protocols, vol.7, pp.1335-1350, 2012.

S. Shachar, G. Pegoraro, and T. Misteli, Hipmap: A high-throughput imaging method for mapping spatial gene positions. Cold Spring Harbor symposia on quantitative biology, vol.80, pp.73-81, 2015.

Y. Shavit, I. Merelli, L. Milanesi, and P. Lio, How computer science can help in understanding the 3d genome architecture, Briefings in bioinformatics, vol.17, pp.733-744, 2016.

H. Shen, . Peter, and . Laird, Interplay between the cancer genome and epigenome, Cell, vol.153, pp.38-55, 2013.

S. F. Matthew-d-simon, R. Pinter, K. Fang, M. Sarma, S. K. Rutenberg-schoenberg et al., High-resolution xist binding maps reveal two-step spreading during x-chromosome inactivation, Nature, vol.504, pp.465-469, 2013.

M. Simonis, P. Klous, E. Splinter, Y. Moshkin, and R. Willemsen, Elzo de Wit, Bas van Steensel, and Wouter de Laat. Nuclear organization of active and inactive chromatin domains uncovered by chromosome conformation capture-on-chip (4c), Nature genetics, vol.38, p.49, 2006.

P. Staller, Genetic heterogeneity and chromatin modifiers in renal clear cell carcinoma, Future oncology, vol.6, pp.897-900, 2010.

O. Symmons, T. Veli-vural-uslu, S. Tsujimura, S. Ruf, W. Nassari et al., Functional and topological characteristics of mammalian regulatory domains, Genome research, vol.24, pp.390-400, 2014.

C. Phillippa, A. L. Taberlay, T. K. Statham, S. J. Kelly, P. Clark et al., Reconfiguration of nucleosome-depleted regions at distal regulatory elements accompanies dna methylation of enhancers and insulators in cancer, Genome research, vol.24, pp.1421-1432, 2014.

C. Phillippa, J. Taberlay, A. Achinger-kawecka, F. A. Lun, K. Buske et al., Three-dimensional disorganization of the cancer genome occurs coincident with long-range genetic and epigenetic alterations, Genome research, vol.26, p.189, 2016.

M. Tahiliani, K. Peng-koh, Y. Shen, H. William-a-pastor, Y. Bandukwala et al., Conversion of 5-methylcytosine to 5-hydroxymethylcytosine in mammalian dna by mll partner tet1, Science, vol.324, pp.930-935, 2009.

Z. Tang, O. J. Luo, X. Li, M. Zheng, J. J. Zhu et al.,

T. Edison, . Liu, M. Grzegorz, D. Wilczynski, G. Plewczynski et al., Ctcf-mediated human 3d genome architecture reveals chromatin topology for transcription, Cell, vol.163, pp.1611-1627, 2015.

M. Thomas-chollier, C. Herrmann, M. Defrance, O. Sand, D. Thieffry et al., Rsat peak-motifs: motif analysis in full-size chipseq datasets, Nucleic acids research, vol.40, p.31, 2012.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01624284

W. Timp and . Andrew-p-feinberg, Cancer as a dysregulated epigenome allowing cellular growth advantage at the expense of the host, Nature reviews. Cancer, vol.13, pp.497-510, 2013.

J. Turatsinze, M. Thomas-chollier, M. Defrance, and J. Van-helden, Using rsat to scan genome sequences for transcription factor binding sites and cis-regulatory modules, Nature protocols, vol.3, pp.1578-1588, 2008.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01624305

A. , L. Valton, and J. Dekker, Tad disruption as oncogenic driver. Current opinion in genetics & development, vol.36, pp.34-40, 2016.

J. Harmen, G. Van-de-werken, . Landan, J. Sjoerd, M. Holwerda et al., Robust 4c-seq data analysis to screen for regulatory dna interactions, Nature methods, vol.9, pp.969-972, 2012.

N. Varoquaux, F. Ay, W. S. Noble, and J. Vert, A statistical approach for inferring the 3d structure of the genome, Bioinformatics, vol.30, pp.26-33, 2014.

N. Varoquaux, I. Liachko, F. Ay, J. N. Burton, J. Shendure et al., Accurate identification of centromere locations in yeast genomes using hi-c, Nucleic acids research, vol.43, p.57, 2015.
URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/hal-01246687

B. Vogelstein, N. Papadopoulos, E. Victor, S. Velculescu, . Zhou et al., Cancer genome landscapes, Science, vol.339, pp.1546-1558, 2013.

V. Emanuela, J. M. Volpi, and . Bridger, Fish glossary: an overview of the fluorescence in situ hybridization technique, BioTechniques, vol.45, p.42, 2008.

S. Wang, J. Su, B. J. Beliveau, B. Bintu, J. R. Moffitt et al., Spatial organization of chromatin domains and compartments in single chromosomes, Science, vol.353, pp.598-602, 2016.

M. Wassef, V. Rodilla, A. Teissandier, B. Zeitouni, N. Gruel et al., Impaired prc2 activity promotes transcriptional instability and favors breast tumorigenesis, Genes & development, vol.29, pp.2547-2562, 2015.

K. Kerstin-s-wendt, T. Yoshida, M. Itoh, B. Bando, E. Koch et al., Cohesin mediates transcriptional insulation by ccctc-binding factor, Nature, vol.451, pp.796-801, 2008.

I. Williamson, S. Berlivet, R. Eskeland, S. Boyle, R. S. Illingworth et al., Spatial genome organization: contrasting views from chromosome conformation capture and fluorescence in situ hybridization, Genes & development, vol.28, pp.2778-2791, 2014.

S. Wingett, P. Ewels, M. Furlan-magaril, T. Nagano, S. Schoenfelder et al., Hicup: pipeline for mapping and processing hic data, vol.175, p.193, 1000.

A. Wutz, Gene silencing in x-chromosome inactivation: advances in understanding facultative heterochromatin formation, Nature reviews. Genetics, vol.12, pp.542-553, 2011.

H. Wrtele and P. Chartrand, Genome-wide scanning of hoxb1-associated loci in mouse es cells using an open-ended chromosome conformation capture methodology. Chromosome research : an international journal on the molecular, supramolecular and evolutionary aspects of chromosome biology, vol.14, pp.477-495, 2006.

E. Yaffe and A. Tanay, Probabilistic modeling of hi-c contact maps eliminates systematic biases to characterize global chromosomal architecture, Nature genetics, vol.43, p.104, 2011.

E. Yaffe, S. Farkash-amar, A. Polten, Z. Yakhini, A. Tanay et al., Comparative analysis of dna replication timing reveals conserved large-scale chromosomal architecture, PLoS genetics, vol.6, p.1001011, 2010.

S. Yavuzyigitoglu, A. E. Koopmans, R. M. Verdijk, J. Vaarwater, B. Eussen et al., Uveal melanomas with sf3b1 mutations: A distinct subclass associated with late-onset metastases, Ophthalmology, vol.123, pp.1118-1128, 2016.

X. Karen-i-zeller, C. W. Zhao, . Lee, P. Kuo, F. Chiu et al., Global mapping of c-myc binding sites and target gene networks in human b cells, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, vol.103, pp.17834-17839, 2006.

Y. Zhan, L. Mariani, I. Barozzi, E. G. Schulz, N. Bluthgen et al., Reciprocal insulation analysis of hi-c data shows that tads represent a functionally but not structurally privileged scale in the hierarchical folding of chromosomes, Genome research, vol.67, p.186, 2017.

L. Zhang, D. Khanh, J. Huynh, and . Lee, Perinucleolar targeting of the inactive x during s phase: evidence for a role in the maintenance of silencing, Cell, vol.129, pp.693-706, 2007.

T. Zhang, S. Cooper, and N. Brockdorff, The interplay of histone modifications-writers that read, EMBO reports, vol.16, pp.1467-1481, 2015.

Y. Zhang, T. Liu, C. A. Meyer, J. Eeckhoute, S. David et al., Model-based analysis of chip-seq (macs), Genome biology, vol.9, p.137, 2008.

Z. Zhao, G. Tavoosidana, M. Sjlinder, A. Gndr, P. Mariano et al., Circular chromosome conformation capture (4c) uncovers extensive networks of epigenetically regulated intra-and interchromosomal interactions, Nature genetics, vol.38, p.49, 2006.

W. Vicky, A. Zhou, B. E. Goren, and . Bernstein, Charting histone modifications and the functional organization of mammalian genomes, Nature reviews. Genetics, vol.12, pp.7-18, 2011.

Y. Zhu, Z. Chen, K. Zhang, M. Wang, D. Medovoy et al., Constructing 3d interaction maps from 1d epigenomes, Nature communications, vol.7, p.10812, 2016.

Y. Huda, A. Zoghbi, and . Beaudet, Cold Spring Harbor perspectives in biology, vol.8, p.19497, 2016.