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Probabilistic approaches to the adaptive immune repertoire : a data-driven approach

Résumé : Le système immunitaire de chaque individu doit faire face à des agressions répétées d'un environnement en constante évolution, constituant ainsi un nombre de menaces virtuellement infini. Afin de mener ce rôle à bien, le système immunitaire adaptatif s'appuie sur une énorme diversité de lymphocytes T et B. Chacune de ces cellules exhibe à sa surface un récepteur unique, créé aléatoirement via le processus de recombinaison V(D)J, et spécifique à un petit nombre de pathogènes seulement. La diversité initiale générée lors de ce processus de recombinaison est ensuite réduite par une étape de sélection fonctionnelle basée sur les propriétés de repliement du récepteur ainsi que ses capacités à interagir avec des protéines du soi. Pour les cellules B, cette diversité peut être à nouveau étendue après rencontre d'un pathogène lors du processus de maturation d'affinité durant lequel le récepteur subit des cycles successifs d'hypermutation et sélection. Ces travaux présentent des approches probabilistes visant à inférer les distributions de probabilités sous-tendant les processus de recombinaison et d'hypermutation à partir de données de séquençage haut débit. Ces approches ont donné naissance à IGoR, un logiciel polyvalent dont les performances dépassent celles des outils existants. En utilisant les modèles obtenus comme base, je présenterai comment ces derniers peuvent être utilisés afin d'étudier le vieillissement et évolution du répertoire immunitaire, la présence d'emprunte parentale lors de la recombinaison V(D)J ou encore pour démontrer que les jumeaux échangent des lymphocytes au cours de la vie fœtale.
Document type :
Theses
Complete list of metadatas

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01775123
Contributor : Abes Star :  Contact
Submitted on : Tuesday, April 24, 2018 - 1:09:07 PM
Last modification on : Monday, August 3, 2020 - 3:53:02 AM
Document(s) archivé(s) le : Wednesday, September 19, 2018 - 10:40:20 AM

File

va_Marcou_Quentin.pdf
Version validated by the jury (STAR)

Identifiers

  • HAL Id : tel-01775123, version 1

Citation

Quentin Marcou. Probabilistic approaches to the adaptive immune repertoire : a data-driven approach. Immunology. Université Sorbonne Paris Cité, 2017. English. ⟨NNT : 2017USPCB029⟩. ⟨tel-01775123⟩

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