Study of the dynamics of catabolite repression : from mathematical models to experimental data

Résumé : La répression catabolique désigne un mode de régulation très répandu chez les bactéries, par lequel les enzymes nécessaires à l'import et la digestion de certaines sources carbonées sont réprimées en présence d'une source carbonée avantageuse, par exemple le glucose dans le cas de la bactérie E. coli. Nous proposons une approche mathématique et expérimentale pour séparer et évaluer l'importance des différents mécanismes de la répression catabolique. En particulier, nous montrons que l'AMP cyclique et l'état physiologique de la cellule jouent tous deux un rôle important dans la régulation de gènes sujets à la ré- pression catabolique. Nous présentons également des travaux méthodologiques réalisés dans le cadre de cette étude et contribuant à l'étude des réseaux de régulation génique en général. En particulier, nous étudions l'applicabilité de l'approximation quasi-stationnaire utilisée pour la réduction de modèles, et présentons des méthodes pour l'estimation robuste de taux de croissance, activité de promoteur, et concentration de protéines à partir de données bruitées provenant d'expériences avec gènes rapporteur.
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Thèse
Modeling and Simulation. Université Grenoble Alpes, 2015. English. 〈NNT : 2015GREAM080〉
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Soumis le : mardi 9 janvier 2018 - 18:19:27
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Valentin Zulkower. Study of the dynamics of catabolite repression : from mathematical models to experimental data. Modeling and Simulation. Université Grenoble Alpes, 2015. English. 〈NNT : 2015GREAM080〉. 〈tel-01679345〉

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