Computational analysis of transcriptional regulation in metazoans

Résumé : Cette thèse d’HDR présente mes travaux concernant la régulation transcriptionelle chez les métazoaires (animaux). En tant que biologiste computationelle, mes activités de recherche portent sur le développement de nouveaux outils bioinformatiques, et contribuent à une meilleure compréhension de questions biologiques. La première partie concerne les facteurs de transcriptions, avec une étude de l’évolution des familles de gènes Hox et ParaHox chez les métazoaires. Pour cela, j’ai développé HoxPred, un outil bioinformatique qui classe automatiquement ces gènes dans leur groupe d’homologie. Les facteurs de transcription régulent leurs gènes cibles en se fixant à l’ADN sur des petites régions cis-régulatrices. La seconde partie de cette thèse introduit la prédiction de ces éléments cis-régulateurs au sein de séquences génomiques, et présente mes contributions au développement d’outils accessibles aux non-spécialistes (la suite RSAT et TRAP). La troisième partie couvre la détection de ces éléments cis-régulateurs grâce aux expériences basées sur le séquençage à haut débit comme le ChIP-seq ou le ChIP-exo. Les développements bioinformatiques incluent des pipelines réutilisables pour analyser ces jeux de données, ainsi que de nouveaux outils d’analyse de motifs adaptés à ces grands jeux de données (RSAT peak-motifs et ExoProfiler). Comme ces approches sont génériques, je les applique naturellement à des questions biologiques diverses, en étroite collaboration avec des groupes expérimentaux. En particulier, cette troisième partie présente les études qui ont permis de mettre en évidence de nouvelles séquences d’ADN qui favorisent ou empêchent la fixation du récepteur aux glucocorticoides. Enfin, mes perspectives de recherche sont présentées, plus particulièrement concernant les nouveaux développements au sein de la suite RSAT pour permettre des analyses basées sur la conservation inter-espèces, mais aussi de nouvelles collaborations avec des équipes expérimentales, notamment pour éudier le remodelage épigénomique au cours de l’ostéoporose.
Type de document :
HDR
Quantitative Methods [q-bio.QM]. Ecole normale supérieure - ENS PARIS, 2016
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Contributeur : Morgane Thomas-Chollier <>
Soumis le : jeudi 8 septembre 2016 - 08:54:11
Dernière modification le : mardi 24 avril 2018 - 17:20:13
Document(s) archivé(s) le : vendredi 9 décembre 2016 - 12:23:37

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Morgane Thomas-Chollier. Computational analysis of transcriptional regulation in metazoans. Quantitative Methods [q-bio.QM]. Ecole normale supérieure - ENS PARIS, 2016. 〈tel-01362020〉

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