Development of an integrated Information Technology System for management of laboratory data and next-generation sequencing workflows within a cancer genomics research platform

Développement d’un système informatique intégré pour la gestion des données de laboratoire et des étapes de séquençage de nouvelle génération au sein d’une plateforme de recherche en génomique du cancer

Catherine Voegele (1)

1 Centre International de Recherche sur le Cancer

The aim of my thesis work was to develop bioinformatics tools to improve the traditional scientific information management within a large research centre and especially within a genomics platform. Three tools have been developed: an electronic laboratory notebook, a laboratory information management system for genomics applications including next generation sequencing, as well as a sample management system for large biobanks. This work has been conducted in close collaboration with biologists, epidemiologists and IT specialists. It has also included the setup of interactions between the different tools to make an integrated IT system. The three tools have been rapidly adopted by all the scientists of the research centre and are now daily used for the tracking of all the laboratory’s activities but also more globally for the research centre’s other scientific activities. These tools are transposable in other research institutes

L'objectif de mon travail de thèse était de développer des outils bio informatiques permettant d'améliorer la traditionnelle gestion de l'information scientifique au sein d'un grand centre de recherche et en particulier au sein d'une plateforme de génomique. Trois outils ont été développés: un cahier de laboratoire électronique, un système de gestion de l'information de laboratoire pour des applications de génomique dont le séquençage de nouvelle génération, ainsi qu'un système de gestion des échantillons pour de grandes bio-banques. Ce travail a été réalisé en étroite collaboration avec des biologistes, épidémiologistes et informaticiens. Il a également inclus la mise en place d'interactions entre les différents outils pour former un système informatique intégré. Les trois outils ont été rapidement adoptés par l'ensemble des scientifiques du centre de recherche et sont désormais utilisés au quotidien pour le suivi de toutes les activités de laboratoire mais aussi plus globalement pour les autres activités scientifiques du centre de recherche. Ces outils sont transposables dans d'autres instituts de recherche

Mots clés: Bioinformatics; Electronic laboratory notebook (ELN); Laboratory information management system (LIMS); Next-generation sequencing (NGS); Sample management for biobanks

Mots clés: Bioinformatique; Cahier de laboratoire électronique (ELN); Système informatique de gestion de laboratoire (LIMS); Séquençage de nouvelle génération (NGS); Système de gestion d’échantillons pour des biobanques

Domaines: Bio-informatique [q-bio.QM]

Catherine Voegele. Development of an integrated Information Technology System for management of laboratory data and next-generation sequencing workflows within a cancer genomics research platform. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Claude Bernard - Lyon I, 2015. English. ⟨NNT : 2015LYO10095⟩. ⟨tel-01313334⟩