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Theses

Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines : méthodologie et application à des protéines d’intérêt thérapeutique

Résumé : Les modifications de protéines, qu’elles soient post-traductionnelles (PTMs) ou induites chimiquement, ont une influence considérable sur l'activité des protéines. Des méthodes de spectrométrie de masse (MS) HRMS, MS/MS CID et ETD, et de biochimie ont été développées pour la caractérisation structurale et cinétique de complexes protéine-ligand et de PTMs, dans le but de disséquer leur mécanisme et de concevoir des médicaments covalents contre des protéines liant des protéases, des kinases, ou l'ADN. La MS combinée avec des outils biochimiques a permis de séquencer l'inhibiteur de protéases grégline, et de détecter une PTM originale. De même, la transposase MOS1, modèle de l'intégrase du VIH pour la conception d'inhibiteurs, s'avère être à la fois acétylée et phosphorylée. Pour la lyase Abf2, une stratégie de piégeage, purification, protéolyse et hydrolyse ADN du complexe covalent Abf2-ADN, couplée à l’analyse MS, a été développée. Enfin, l’interaction entre le surpresseur de métastase hPEBP1 et la locostatine a été disséquée sur la protéine entière et par approche bottom-up. La locostatine s’hydrolyse en butyrate après fixation. Afin d’identifier le site ciblé par la locostatine, les conditions de réaction et de protéolyse ont été optimisées. La présence de réactions non spécifiques a conduit au développement 1) d'un modèle mathématique permettant de déterminer la fraction de liaison optimale pour discriminer le site spécifique des sites non-spécifiques, et 2) d'une méthode pour la quantification parallèle et exhaustive du degré de modification de tous les sites modifiés d'une protéine. Ces outils sont applicables aux ligands covalents de protéines et/ou à leurs PTMs.
Document type :
Theses
Complete list of metadatas

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01246054
Contributor : Abes Star :  Contact
Submitted on : Friday, December 18, 2015 - 1:03:26 AM
Last modification on : Thursday, March 5, 2020 - 6:49:37 PM
Document(s) archivé(s) le : Saturday, March 19, 2016 - 11:21:30 AM

File

guillaume-gabant_3227.pdf
Version validated by the jury (STAR)

Identifiers

  • HAL Id : tel-01246054, version 1

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Citation

Guillaume Gabant. Spectrométrie de masse des modifications induites ou post-traductionnelles de protéines : méthodologie et application à des protéines d’intérêt thérapeutique. Biochimie, Biologie Moléculaire. Université d'Orléans, 2014. Français. ⟨NNT : 2014ORLE2061⟩. ⟨tel-01246054⟩

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