Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois

Résumé : Cette thèse cherche à discriminer au niveau génomique entre le développement d'embryons vers un mode de reproduction sexué et le développement vers un mode asexué chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. Cette discrimination passe par la création du réseau de régulation post-transcriptionnelle des microARN et des ARNm qui possèdent des cinétiques d'expression différentes entre ces deux embryogenèses ainsi que par l'analyse des modules d'interactions de ce réseau par l'utilisation de l'analyse de concepts formels. Pour ce faire, une stratégie en plusieurs étapes a été mise en place : la création d'un réseau d'interactions entre les microARN et les ARNm du puceron du pois ; l'extraction et la réduction du réseau aux microARN et ARNm qui possèdent des cinétiques différentes entre les deux embryogenèses à partir des données d'expression tirées du séquençage haut-débit ; l'analyse du réseau d'interactions réduit aux éléments d’intérêt par l'analyse de concepts formels. L'analyse du réseau a permis l'identification de différentes fonctions potentiellement importantes comme l'ovogenèse, la régulation transcriptionnelle ou encore le système neuroendocrinien. En plus de l'analyse du réseau, l'analyse de concepts formels a été utilisée pour définir une méthode de réparation de graphe biparti basée sur une topologie en "concepts" ainsi qu'une méthode de visualisation de graphes bipartis par ses concepts.
Type de document :
Thèse
Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2014. Français. 〈NNT : 2014REN1S076〉
Liste complète des métadonnées

Littérature citée [60 références]  Voir  Masquer  Télécharger

https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01135870
Contributeur : Abes Star <>
Soumis le : jeudi 26 mars 2015 - 10:19:06
Dernière modification le : mercredi 2 août 2017 - 10:10:58

Fichier

WUCHER_Valentin.pdf
Version validée par le jury (STAR)

Identifiants

  • HAL Id : tel-01135870, version 1

Citation

Valentin Wucher. Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois. Interactions entre organismes. Université Rennes 1, 2014. Français. 〈NNT : 2014REN1S076〉. 〈tel-01135870〉

Partager

Métriques

Consultations de
la notice

327

Téléchargements du document

210