Study of procaryote communities stucturation of acid mine drainages using high-throughput sequencing.
Étude de la structuration des communautés procaryotes des drainages miniers acides par le séquençage haut débit
Résumé
The study of prokaryotic communities is an important part of microbial ecology. Processes that structure communities are of two types: stochastic with random dispersal events of birth and death; and deterministic with the habitat selection and interactions between microorganisms. The power of sequencing technologies and computer processing currently allow to enrich our knowledge of these processes. We performed a comparative study of twelve locations from acid mine drainage (AMD) from three regions: the south-east of France, south-west of the iberian peninsula and Bolivia. We have shown the importance of habitat filter on the structure of prokaryotic communities whose majority are specific to this environment, as well as an uncharacterized archaea richnesse. The study of a co-occurrence network suggests a special relationship between certain microorganisms. Finally the study of the diversity of arsenic membrane transporters ArsB and Acr3 shows patterns of population exchange between communities of DMA.
L’étude des communautés procaryotes est une part importante de l’écologie microbienne. Les processus qui structurent les communautés sont de deux natures : stochastique par des événements aléatoires de dispersion, de naissance et de mort ; et déterministe par la sélection de l’habitat et les interactions entre les micro-organismes. La puissance des technologies de séquençage et du traitement informatique permet actuellement d’enrichir les connaissances sur ces processus. Nous avons réalisé une étude comparative de douze sites provenant de drainage minier acide (DMA) de trois régions du monde : le sud-est de la France, le sud-ouest de la péninsule ibérique et la Bolivie. Nous avons montré l’importance du filtre de l’habitat sur la structuration des communautés procaryotes dont une majorité sont spécifiques de cet environnement, ainsi qu’une richesse archaea non caractérisée. L’étude d’un réseau de cooccurences suggère des relations privilégiées entre certains micro-organismes. Enfin l’étude de la diversité des transporteurs membranaires d’arsenic ArsB et Acr3 et montre des patrons d’échanges de populations entre les communautés des DMA.