Caractérisation de la prévalence et de la diversité des gènes de résistance bactérienne à des antibiotiques dans le sol par des approches métagénomiques : Quel est le potentiel de la dissémination du résistome tellurique?

Joseph Nesme 1
Résumé : Les bactéries de l'environnement et du sol en particulier sont des producteurs actifs de molécules antibiotiques et les composés antibiotiques utilisés en médecine ont pour la plupart été isolés de bactéries saprophytes du sol qui ont elle mêmes développé une variété de mécanismes pour contrer les effets des antibiotiques conduisant à un arsenal de gènes de résistance à des antibiotiques dans l'environnement (ARGD). Une évaluation de l'abondance et de la diversité en terme de gènes de résistance à des antibiotiques a donc été conduite. Pour cette analyse, nous avons compilé 71 jeux de données de séquences d'ADN métagénomique environnementale variées: océans, et identifié des gènes de résistance pour chacun d'eux. Le sol est confirmé par cette étude comme un environnement extrêmement divers en terme de résistance à des antibiotiques. Cet étude in silico a été complété d'abord par une approche en microcosmes visant à étudier les effets soit de pollution soit par des molécules antibiotiques pures, soit par des effluents de ferme utilisés pour la fertilisation des sols. Les microcosmes de sols ont été incubés pendant 6 mois au laboratoire en conditions contrôlées. L'abondance de gènes de résistance à des antibiotiques a été évaluée au cours du temps par PCR quantitative. Une seconde étude visant à évaluer l'impact de la consommation de molécules antibiotiques par une population humaine sur son environnement immédiat, dont le sol, a été entreprise. Le village de Trois-Sauts est situé sur les berges du haut-Oyapock en Guyane Française. Les prescriptions antibiotiques sont très récentes dans cette région et les molécules distribuées ont été précisément répertoriées. Un transect de sol de 3km a été échantillonné chaque 600m afin de vérifier l'existence d'un gradient d'anthropisation entre le village (0m) et les échantillons de forêt les plus distants (3000m). Tous nos résultats confirment la présence à une forte abondance de gènes de résistance à des antibiotiques dans l'environnement, et en particulier dans le sol. Les facteurs à l'origine de la sélection et de la dissémination des gènes de résistance restent cependant difficiles à appréhender dans des environnements aussi complexes. C'est cependant avec une meilleure compréhension des phénomènes conduisant à l'émergence et à la dissémination des gènes de résistance à des antibiotiques au sein des flores pathogènes, depuis leur réservoir environnemental, que nous pourrons agir en vue de préserver les antibiotiques encore actifs aujourd'hui et ceux encore à développer.
Type de document :
Thèse
Autre. Ecole Centrale de Lyon, 2014. Français. <NNT : 2014ECDL0015>


https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01124013
Contributeur : Abes Star <>
Soumis le : vendredi 6 mars 2015 - 01:39:22
Dernière modification le : vendredi 10 avril 2015 - 02:27:35
Document(s) archivé(s) le : dimanche 7 juin 2015 - 10:35:17

Fichier

2014ECDL0015.pdf
Version validée par le jury (STAR)

Identifiants

  • HAL Id : tel-01124013, version 1

Collections

Citation

Joseph Nesme. Caractérisation de la prévalence et de la diversité des gènes de résistance bactérienne à des antibiotiques dans le sol par des approches métagénomiques : Quel est le potentiel de la dissémination du résistome tellurique?. Autre. Ecole Centrale de Lyon, 2014. Français. <NNT : 2014ECDL0015>. <tel-01124013>

Exporter

Partager

Métriques

Consultations de
la notice

217

Téléchargements du document

253