Assessing the diversity of agrobacterial populations

Résumé : Les bactéries du genre Agrobacterium forment un ensemble taxonomiquement diversifié composé de nombreuses espèces, présent dans la plupart des sols et des rhizosphère. Les agrobactéries sont le plus souvent anodines voire stimulatrices de la croissance des plantes. Par contre, celles qui hébergent un plasmide Ti induisent la maladie de la galle du collet à de nombreuses plantes d'intérêt agronomique. Dans ce contexte, nous avons d'une part donné l'état actuel des connaissances sur la taxonomie du genre Agrobacterium, et nous avons fait une revue des méthodes d'isolement et de typage de ces bactéries. D'autre part, nous avons cherché à mettre au point des méthodes d'identification rapides et fiables des différentes espèces d'agrobactérie. La méthode de MALDI-TOF MS a permis d'identifier les espèces mais elle n'était pas assez résolutive pour typer des souches et encore moins la présence de plasmides Ti dans les isolats. Nous avons alors développé des amorces de PCR spécifiques de 17 espèces, du genre Agrobacterium et de la famille Rhizobiaceae. Ces amorces se sont révélées efficaces pour identifier les bactéries cultivées et aussi pour détecter leur présence dans des communautés microbiennes. Nous avons utilisé ces outils pour étudier la répartition des agrobactéries à l'échelle d'un pays, d'une station et entre sols nus et sols rhizosphériques en utilisant soit des isolats soit des ADN extraits des différents environnements. Enfin, nous avons montré que le clonage-séquençage ou le séquençage à haut débit d'amplicons obtenus à partir d’ADN de communautés microbiennes nous permettaient de connaître la diversité des populations d'agrobactéries
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Thèse
Agricultural sciences. Université Claude Bernard - Lyon I, 2012. English. 〈NNT : 2012LYO10293〉
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Soumis le : lundi 28 avril 2014 - 14:54:32
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Malek Shams. Assessing the diversity of agrobacterial populations. Agricultural sciences. Université Claude Bernard - Lyon I, 2012. English. 〈NNT : 2012LYO10293〉. 〈tel-00984505〉

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