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Theses

Molecular Modelisation of Proteins within the Extracelluar Matrix : Theoretical Approaches and Biological Evaluations

Thomas Haschka 1
1 SiRMa - Laboratoire de Signalisation et Récepteurs Matriciels
MEDyC - Matrice extracellulaire et dynamique cellulaire - UMR 7369
Résumé : Ce document traite des aspects différents de la modélisation moléculaire d'une protéine de la matrice extracellulaire. Le domaine de signature des thrombospondines est étudié en détail dans ce document en faisant appel aux champs variés de la science. La complexité de ce domaine nécessite l'utilisation des approches de la mécanique quantique moléculaire en plus de la dynamique moléculaire classique. En reliant les deux approches un nouveau algorithme a été développé afin d'attribuer des charges partielles à partir des résultats obtenus par des méthodes ab-initio. Pour implémenter cet algorithme d'une façon efficace, les nouvelles méthodes de la programmation massivement parallèle ont été utilisées qui nous permettent entre autres de faire tourner cet algorithme sur les procsesseurs graphiques. Nous avons également utilisé et développé des nouvelles méthodes de la visualisation moléculaire rapprochant l'art à la science. En plus, de ces développements nous avons obtenus des résultats intéressants sur la dynamique du domaine de signature. Nous avons pu identifier les ions échangeables de ce domaine. Nous avons vérifié et élargie les modèles existants de la thrombospondine dans des concentrations faibles de calcium. En utilisant la dynamique moléculaire nous avons également évalué des sites importants de fixations pour le développement de nouveaux médicaments contre le cancer.
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00880738
Contributor : Thomas Haschka <>
Submitted on : Wednesday, November 6, 2013 - 5:11:24 PM
Last modification on : Monday, May 6, 2019 - 10:30:17 AM
Document(s) archivé(s) le : Friday, February 7, 2014 - 10:10:10 AM

Identifiers

  • HAL Id : tel-00880738, version 1

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Citation

Thomas Haschka. Molecular Modelisation of Proteins within the Extracelluar Matrix : Theoretical Approaches and Biological Evaluations. Biological Physics [physics.bio-ph]. Université de Reims - Champagne Ardenne, 2012. English. ⟨NNT : 2012REIMS015⟩. ⟨tel-00880738⟩

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