Methodology for the extraction and the analysis of gene regulation networks : analysis of the transcriptional response to irradiation in S. cerevisiæ
Méthodologie d'extraction et d'analyse de réseaux de régulation de gènes : analyse de la réponse transcriptionnelle à l'irradiation chez S. cerevisiæ
Résumé
The cellular response to the DNA damage provoked by irradiation (IR) is relatively well studied, however, many observations show the involvement of the expression of many genes. We propose to identify the different potential patterns of the transcriptional response to IR and to reconstruct a gene regulatory network involved in its control. The first point of this work lies in the exploitation of the gene expression dynamics in conditions of genetic perturbations. The second point lies in the integration of systemic biological informations. We define an approach composed of one step of automated logical deduction of regulations from a strategy of perturbations and two induction steps that allow the analysis of the gene expression dynamics and the extraction of potential regulation from additional data. This approach allowed to identify, for the yeast, a complex response to IR and allowed to propose a regulation model which some relations have been experimentally validated.
La réponse cellulaire aux dommages de l'ADN provoqués par l'irradiation (IR) est relativement bien étudiée mais de nombreuses observations montrent l'implication de l'expression de nombreux gènes. Nous souhaitons identifier les différentes formes de la réponse transcriptionnelle à l'IR et reconstruire un réseau de régulation génique impliqué dans son contrôle. La problématique réside dans l'exploitation de dynamiques d'expression de gènes dans des conditions de perturbations génétiques et dans l'intégration d'informations biologiques systémiques. Nous définissons une approche constituée d'une étape automatisée de déduction de régulations à partir de perturbations et de deux étapes d'induction qui permettent d'analyser la dynamique d'expression des gènes et d'extraire des régulations des données additionnelles. Cela nous a permis d'identifier, chez la levure, une réponse complexe à l'IR et de proposer un modèle de régulation dont certaines relations ont été validées expérimentalement.