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Theses

Reconstructing plant architecture from 3D laser scanner data

Chakkrit Preuksakarn 1, 2
1 VIRTUAL PLANTS - Modeling plant morphogenesis at different scales, from genes to phenotype
CRISAM - Inria Sophia Antipolis - Méditerranée , INRA - Institut National de la Recherche Agronomique, UMR AGAP - Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales
Résumé : Les modèles virtuels de plantes sont visuellement de plus en plus réalistes dans les applications infographiques. Cependant, dans le contexte de la biologie et l'agronomie, l'acquisition de modèles précis de plantes réelles reste un problème majeur pour la construction de modèles quantitatifs du développement des plantes.Récemment, des scanners laser 3D permettent d'acquérir des images 3D avec pour chaque pixel une profondeur correspondant à la distance entre le scanner et la surface de l'objet visé. Cependant, une plante est généralement un ensemble important de petites surfaces sur lesquelles les méthodes classiques de reconstruction échouent. Dans cette thèse, nous présentons une méthode pour reconstruire des modèles virtuels de plantes à partir de scans laser. Mesurer des plantes avec un scanner laser produit des données avec différents niveaux de précision. Les scans sont généralement denses sur la surface des branches principales mais recouvrent avec peu de points les branches fines. Le cœur de notre méthode est de créer itérativement un squelette de la structure de la plante en fonction de la densité locale de points. Pour cela, une méthode localement adaptative a été développée qui combine une phase de contraction et un algorithme de suivi de points.Nous présentons également une procédure d'évaluation quantitative pour comparer nos reconstructions avec des structures reconstruites par des experts de plantes réelles. Pour cela, nous explorons d'abord l'utilisation d'une distance d'édition entre arborescence. Finalement, nous formalisons la comparaison sous forme d'un problème d'assignation pour trouver le meilleur appariement entre deux structures et quantifier leurs différences.
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00859843
Contributor : Christophe Godin <>
Submitted on : Monday, September 9, 2013 - 3:35:06 PM
Last modification on : Wednesday, July 8, 2020 - 5:24:03 PM
Document(s) archivé(s) le : Tuesday, December 10, 2013 - 4:29:45 AM

Identifiers

  • HAL Id : tel-00859843, version 1
  • PRODINRA : 330190

Citation

Chakkrit Preuksakarn. Reconstructing plant architecture from 3D laser scanner data. Modeling and Simulation. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2012. English. ⟨NNT : 2012MON20116⟩. ⟨tel-00859843⟩

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