Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux

Ségolène Caboche 1, 2
Résumé : Les peptides non-ribosomiaux sont des molécules produites par les micro-organismes et présentant un large éventail d'activités biologiques et pharmaceutiques. Par exemple, ils peuvent présenter des activités antibiotiques, immuno-modulatrices ou anti-tumorales. Ces peptides sont synthétisés par de grands complexes multi-enzymatiques, appelés synthétases ou NRPS (NonRibosomal Peptide Synthetases). Deux traits caractéristiques distinguent ces peptides des peptides ribosomiaux classiques : le premier est que leur structure primaire n'est pas toujours linéaire mais peut être totalement ou partiellement cyclique, branchée voir même poly-cyclique, et le second est la diversité des monomères incorporés au sein de ces peptides qui dépasse largement les vingt acides aminés protéogéniques. Nous avons développé Norine, la première ressource publique entièement dédiée aux peptides nonribosomiaux. Norine contient actuellement plus de 1 000 peptides, modélisés par des graphes étiquetés non-orientés, ainsi que des outils informatiques permettant leur analyse, comme la comparaison de compositions en monomères, la recherche de motifs structuraux ou la recherche par similarité. Des analyses statistiques sur les données contenues dans Norine ont permis de mettre en évidence des caractéristiques biologiques intéressantes comme la spécificité des monomères en fonction de l'activité biologique qui nous a conduit à l'élaboration d'un outil d'aide à la prédiction de la fonction biologique d'un peptide à partir de sa composition monomérique. En trois ans, Norine est devenue la ressource internationale pour les peptides non-ribosomiaux.
Type de document :
Thèse
Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français
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Contributeur : Ségolène Caboche <>
Soumis le : vendredi 17 mai 2013 - 08:23:36
Dernière modification le : vendredi 26 février 2016 - 01:09:43
Document(s) archivé(s) le : dimanche 18 août 2013 - 04:13:27

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Ségolène Caboche. Mise en place d'une plate-forme logicielle pour l'analyse des peptides non-ribosomiaux. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2009. Français. <tel-00823447>

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