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Theses

Aspects algorithmiques des réarrangements génomiques : duplications et ordres partiels

Annelyse Thévenin 1
1 BioInfo - LRI - Bioinformatique (LRI)
LRI - Laboratoire de Recherche en Informatique
Résumé : La génomique comparative est une discipline importante pour la compréhension de l'évolution du vivant. Différentes méthodes de comparaison existent, nous nous intéressons ici en particulier aux mesures de (dis)similarités entre les génomes. Dans cette étude, nous étudions 3 mesures : les nombres d'adjacences, de points de cassures et d'intervalles communs. En présence de gènes dupliqués ou lorsque l'ordre des gènes n'est que partiellement connu, calculer ces mesures est un problème connu pour être NP-difficile. D'une part, nous désirons calculer les nombres d'adjacences et de points de cassures pour trois modèles (exemplaire, intermédiaire, maximum) entre deux génomes possédant des duplications. Afin d'obtenir un algorithme exact, nous modélisons ces problèmes en programmes pseudo-booléens. Après expérimentation sur 12 génomes de γ-protéobactéries, nous obtenons suffisamment de résultats pour : comparer les deux mesures et les 3 modèles et évaluer des heuristiques. À ce titre, nous proposons une famille d'heuristiques basée sur une recherche de plus longue sous-séquence commune qui donne de très bons résultats sur ces données. Parallèlement à cela, nous avons étudié, pour différents problèmes de calcul de mesures entre deux génomes avec duplication, l'approximation polynomial. D'autre part, nous calculons les nombres d'adjacences et d'intervalles communs entre deux ordres partiels (avec la possibilité qu'un des ordres soit total). Nous utilisons de nouveau une approche de programmation pseudo-booléenne. À l'aide de près de 800 génomes simulés, nous étudions l'influence de paramètres inhérents aux ordres partiels et nous comparons les deux mesures étudiées.
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00768996
Contributor : Annelyse Thévenin <>
Submitted on : Thursday, December 27, 2012 - 11:23:15 AM
Last modification on : Friday, April 10, 2020 - 2:10:24 AM
Document(s) archivé(s) le : Thursday, March 28, 2013 - 3:48:07 AM

Identifiers

  • HAL Id : tel-00768996, version 1

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Citation

Annelyse Thévenin. Aspects algorithmiques des réarrangements génomiques : duplications et ordres partiels. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris Sud - Paris XI, 2009. Français. ⟨NNT : 2009PA112194⟩. ⟨tel-00768996⟩

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