Coarse-grain models for proteins: Mechanical properties and interactions

Représentations gros-grain pour la modélisation des protéines : Propriétés mécaniques et interactions

Sacquin-Mora Sophie (1)

1 LBT (UPR_9080) - Laboratoire de biochimie théorique [Paris]

Mes travaux de recherche portent sur le développement de modèles gros-grains et d'algorithmes pour l'étude des propriétés mécaniques des protéines et des interactions protéine-protéine. Sur le plan mécanique, le programme ProPHet (Probing Protein Heterogeneity) permet de sonder la rigidité protéique à l'échelle du résidu et d'étudier la réponse d'un système moléculaire soumis à une déformation anisotrope. Cette réponse mécanique peut être mise en rapport avec les propriétés structurales de la protéine concernée (notamment j'agencement de ses différents éléments de structure secondaire), mais aussi avec son fonctionnement biologique (comme l'activité enzymatique. Du point de vue des interactions protéine-protéine, l'analyse des résultats des calculs effectués avec le programme MAXDo (Macromolecular Association via Cross-Docking) sur une grille d'internautes )(WorldCommunityGrid) permet mieux comprendre la spécificité des phénomènes de reconnaissance protéique

Keywords: Computational biology; protein mechanics; protein interactions; elastic networks

Keywords: Modélisation moléculaire; mécanique des protéines; interactions protéiques; réseau élastique; docking

Domains: Theoretical and/or physical chemistry; Biological Physics [physics.bio-ph]; Molecular biology

Sacquin-Mora Sophie. Représentations gros-grain pour la modélisation des protéines : Propriétés mécaniques et interactions. Chimie théorique et/ou physique. Université Paris-Diderot - Paris VII, 2011. ⟨tel-00652917⟩