Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques

Philippe Gambette 1
1 ALGCO - Algorithmes, Graphes et Combinatoire
LIRMM - Laboratoire d'Informatique de Robotique et de Microélectronique de Montpellier
Résumé : Les réseaux phylogénétiques généralisent le modèle de l'arbre pour décrire l'évolution, en permettant à des arêtes entre les branches de l'arbre d'exprimer des échanges de matériel génétique entre espèces coexistantes. De nombreuses approches combinatoires - fondées sur la manipulation d'ensembles finis d'objets mathématiques - ont été conçues pour reconstruire ces réseaux à partir de données extraites de plusieurs arbres de gènes contradictoires. Elles se divisent en plusieurs catégories selon le type de données en entrée (triplets, quadruplets, clades ou bipartitions) et les restrictions de structure sur les réseaux reconstruits. Nous analysons en particulier la structure d'une classe de réseaux restreints, les réseaux de niveau k, et adaptons ce paramètre de niveau au contexte non enraciné. Nous donnons aussi de nouvelles méthodes combinatoires pour reconstruire des réseaux phylogénétiques, à partir de clades - méthode implémentée dans le logiciel Dendroscope - ou de quadruplets. Nous étudions les limites de ces méthodes combinatoires (explosion de complexité, bruit et silence dans les données, ambiguïté des réseaux reconstruits) et la façon de les prendre en compte, en particulier par un pré-traitement des données. Finalement, nous illustrons les résultats de ces méthodes de reconstruction sur des données réelles avant de conclure sur leur utilisation dans une méthodologie globale qui intègre des aspects statistiques
Type de document :
Thèse
Informatique [cs]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2010. Français. <NNT : 2010MON20214>
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Contributeur : Philippe Gambette <>
Soumis le : mardi 12 juillet 2011 - 17:38:42
Dernière modification le : samedi 10 juin 2017 - 01:04:09
Document(s) archivé(s) le : jeudi 13 octobre 2011 - 02:40:25

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Philippe Gambette. Méthodes combinatoires de reconstruction de réseaux phylogénétiques. Informatique [cs]. Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2010. Français. <NNT : 2010MON20214>. <tel-00608342>

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