Study of cardiac conduction tissue : identification of genes specifically expressed and implicated in conduction blocs.
Étude des voies de conduction cardiaque : identification des gènes spécifiquement exprimés et impliqués dans des troubles de conduction
Résumé
We aim to identify a mutated gene responsible for familial cardiac conduction defect. This disease, which is transmitted as autosomal dominant, was localised to 19q13.3 at an interval of 10 cM. Linkage study permitted us to reduce the genetic interval to 7 cM. Using a candidate gene approach, we screened for mutation the coding sequence of 9 genes and no mutation was found. Human genome sequence DataBase revealed the presence of more than 100 genes in this interval. We chose to use the RDA (Representational Difference Analysis) approach in order to select genes that are specifically expressed in the cardiac conduction tissue, supposing that the gene responsible for this disease is expressed specifically in this tissue. This work requires the obtention of conduction tissue (impossible for human), so we decided to work with bovin hearts. We realised all steps and obtained about fourty transcripts, but only about fifteen are genes of known function and localisation on human genome. Their tissue specificity was verified by semi-quantitative RT-PCR and their cellular specificity is tested by In Situ Hybridisation, to be optimised. In parallel, we localised an X-linked Kartagener syndrome in a french family to Xq21-q24 at an interval of 34 cM, and we ruled out two genes MID2 and AKAP28 as candidate genes.
Notre objectif est d'identifier un gène muté responsable d'une forme familiale de bloc de conduction cardiaque. Cette maladie, à transmission autosomique dominante, a été localisée sur le chromosome 19q13.3 dans un intervalle de 10 cM. L'étude de liaison nous a permis de réduire l'intervalle à 7 cM. Par l'approche de gènes candidats nous avons cherché des mutations dans les parties codantes de 9 gènes, mais aucune anomalie n'a été identifiée. Les données du séquençage du génome humain montrent qu'il y a plus de 100 gènes dans cet intervalle. Nous avons donc entrepris l'approche de la RDA (Representational Difference Analysis) afin de sélectionner les gènes spécifiquement exprimés dans les voies de conduction cardiaque, en supposant que le gène responsable de la maladie est exprimé spécifiquement dans ce tissu. Ce travail nécessite l'extraction spécifique des transcrits des voies de conduction cardiaque (impossible chez l'homme). Nous avons donc choisi de travailler sur le coeur de bovin. Nous avons réalisé toutes les étapes jusqu'à l'obtention des clones. Après séquençage et tri informatique, nous avons obtenus une quarantaine de clones correspondants seulement à une quinzaine de gènes dont la fonction et la localisation chromosomique sur le génome humain est connue. Nous avons vérifié la spécificité tissulaire par RT-PCR et la localisation cellulaire des transcrits spécifiques est testée par l'hybridation In Situ, en cours d'optimisation. En parallèle, nous avons localisé le syndrome de Kartagener lié à l'X en Xq21-q24 chez une famille française à un intervalle de 34 cM, et nous avons exclu deux gènes MID2 et AKAP28 comme gènes candidats.