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Thèse

Diversité bactérienne des sols : accès aux populations à effectifs minoritaires "the rare biosphere"

Résumé : L'exploration complète de la diversité bactérienne reste incomplète, due à des limitations techniques (extraction d'ADN incomplète, limites des techniques de caractérisation…), à la complexité et l'hétérogénéité de la matrice sol (présence de microenvironnements…) et à l'existence de populations numériquement faibles. Bien que ces populations minoritaires jouent probablement un rôle important dans le fonctionnement de la communauté, elles sont rarement détectées par les techniques conventionnelles. Nos objectifs dans le cadre de ce travail de thèse ont été de développer des approches tant conceptuelles que techniques qui permettent d‟accéder à un niveau plus important de la diversité bactérienne présente dans les environnements complexes comme les sols. La première approche a pour but de favoriser le développement de bactéries minoritaires grâce à l'inoculation de communautés bactériennes dans des sols stérilisés avec des propriétés physico-chimiques différentes, afin de confirmer ou d‟infirmer le concept de Baas Becking « tout est partout et l‟environnement sélectionne ». Les changements de structures des communautés bactériennes inoculées, sont analysés à l'aide de puces à ADN taxonomique nouvellement développées. Les résultats confirment clairement l'impact de l'environnement sur la structure des populations bactériennes. De plus l'analyse des puces à ADN révèle des bactéries précédemment non détectées, confirmant la présence de populations minoritaires et la possibilité d‟augmenter leur abondance relative sous différentes conditions. La deuxième approche consiste au développement d'une souche bactérienne capable de capturer in situ des fragments d‟ADN. Elle a pour but d'éviter l'étape d'extraction d‟ADN. Cet outil est basé sur la construction d'un système de contre sélection positive permettant de sélectionner les clones ayant intégré des gènes d'intérêt. Nos travaux montrent clairement qu'il est possible d'améliorer l'accès à cette « rare biosphere » sans toutefois pouvoir répondre entièrement à la question : est-ce que tout est partout?
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https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00502105
Contributeur : Abes Star :  Contact
Soumis le : mardi 15 février 2011 - 19:09:07
Dernière modification le : mardi 1 septembre 2020 - 14:44:17
Archivage à long terme le : : lundi 16 mai 2011 - 03:24:45

Fichier

TH_T2185_afaugier.pdf
Version validée par le jury (STAR)

Identifiants

  • HAL Id : tel-00502105, version 3

Citation

Aurélie Faugier. Diversité bactérienne des sols : accès aux populations à effectifs minoritaires "the rare biosphere". Autre. Ecole Centrale de Lyon, 2010. Français. ⟨NNT : 2010ECDL0008⟩. ⟨tel-00502105v3⟩

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