Caractérisation des interactions protéine-ligand par échange 1H/3H : Application au complexe entre la protéine hAsf1 et l'histone H3.
Résumé
Protein-protein interactions are crucial for cell functioning and are involved in numerous pathologies. A better understanding of these interactions is therefore mandatory. We have developed a new footprinting strategy based on the accessibility of protein amino acids towards water. This accessibility differs between the protein alone and the protein in a complex. The general principle of this approach involved the generation of carbon-centered radicals on amino-acid side chains and then the reparation of these radicals by a tritium atom.
The first step was to assign the reactivity of the 20 proteogenic amino-acids towards this methodology :
Lys>Leu>Arg>Ile>Trp>Phe>Val>Cys>Met>His>Tyr>Glu>Thr>Asp>
Gln>Pro>Ala>Asn>Ser >Gly. This strategy was applied to the complex between hAsf11-156 protein and a small peptide of H3 histone and allowed us to unambiguously determine the three main amino acids of the H3 histone involved in this interaction (L126, R129 and I130). In addition, we have shown that our methodology not only affords information about the interaction, but also about the folding of proteins.
The first step was to assign the reactivity of the 20 proteogenic amino-acids towards this methodology :
Lys>Leu>Arg>Ile>Trp>Phe>Val>Cys>Met>His>Tyr>Glu>Thr>Asp>
Gln>Pro>Ala>Asn>Ser >Gly. This strategy was applied to the complex between hAsf11-156 protein and a small peptide of H3 histone and allowed us to unambiguously determine the three main amino acids of the H3 histone involved in this interaction (L126, R129 and I130). In addition, we have shown that our methodology not only affords information about the interaction, but also about the folding of proteins.
Les interactions protéine–protéine jouent un rôle essentiel dans le fonctionnement cellulaire et sont impliquées dans diverses pathologies. L'étude de ces interactions est donc primordiale. Nous avons entrepris de développer une méthode de « footprinting » basée sur la différence d'accessibilité à l'eau des acides aminés d'une protéine selon qu'elle est seule ou en interaction. Le principe de cette méthode de caractérisation des zones d'interactions protéine–ligand, est basé sur une étape de génération de radicaux carbo-centrés sur les chaînes latérales des acides aminés de la protéine, et sur une étape de réparation de ces radicaux par un atome de tritium.
La première étape a été de déterminer la réactivité des 20 acides aminés communs vis-à-vis de notre méthode :
Lys>Leu>Arg>Ile>Trp>Phe>Val>Cys>Met>His>Tyr>Glu>Thr>Asp>
Gln>Pro>Ala>Asn> Ser>Gly. Notre méthode ensuite appliquée à l'étude du complexe entre la protéine hAsf11-156 et un fragment de l'histone H3 a permis de caractériser sans ambiguïté les trois résidus principaux de H3 (L126, R129 et I130) impliqués dans cette interaction. De plus, nous avons mis en évidence que notre méthode de caractérisation des interactions protéique est à la fois sensible aux phénomènes d'interaction et de repliement.
La première étape a été de déterminer la réactivité des 20 acides aminés communs vis-à-vis de notre méthode :
Lys>Leu>Arg>Ile>Trp>Phe>Val>Cys>Met>His>Tyr>Glu>Thr>Asp>
Gln>Pro>Ala>Asn> Ser>Gly. Notre méthode ensuite appliquée à l'étude du complexe entre la protéine hAsf11-156 et un fragment de l'histone H3 a permis de caractériser sans ambiguïté les trois résidus principaux de H3 (L126, R129 et I130) impliqués dans cette interaction. De plus, nous avons mis en évidence que notre méthode de caractérisation des interactions protéique est à la fois sensible aux phénomènes d'interaction et de repliement.
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