Nouvelles heuristiques de voisinage et mémétiques pour le problème Maximum de Parcimonie

Résumé : La reconstruction phylogénétique vise à reconstituer l'histoire évolutive d'un ensemble d'espèces sous forme d'un arbre. Parmi les méthodes de reconstruction, le problème Maximum de Parcimonie (MP) consiste à trouver un arbre binaire dont les feuilles sont associées à des séquences de caractères données, et qui minimise le score de parcimonie. Les méthodes de résolution existantes de ce problème NP-complet s'attachent généralement à appliquer des méthodes heuristiques traditionnelles, comme des algorithmes gloutons et de recherche locale. L'une des diffcultés du problème repose sur la manipulation d'arbres et la définition de voisinages d'arbres.
Dans cette thèse, nous nous intéressons en premier lieu à l'amélioration des techniques de résolution du problème MP basées sur un algorithme de descente. Après avoir montré de manière empirique les limites des voisinages existants, nous introduisons un voisinage progressif qui évolue au cours de la recherche afin de limiter l'évaluation de voisins infructueux lors d'une descente. L'algorithme obtenu est ensuite hybridé à un algorithme génétique utilisant un croisement d'arbres spécifique fondé sur les mesures de distance entre chaque couple d'espèces dans l'arbre. Cet algorithme mémétique exhibe des résultats très compétitifs, tant sur des jeux de test tirés de la littérature que sur des jeux générés aléatoirement.
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Thèse
Autre [cs.OH]. Université d'Angers, 2006. Français
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Contributeur : Adrien Goëffon <>
Soumis le : samedi 16 février 2008 - 14:11:21
Dernière modification le : mercredi 21 février 2018 - 15:48:03
Document(s) archivé(s) le : vendredi 28 septembre 2012 - 09:55:34

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Adrien Goëffon. Nouvelles heuristiques de voisinage et mémétiques pour le problème Maximum de Parcimonie. Autre [cs.OH]. Université d'Angers, 2006. Français. 〈tel-00256670〉

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