Modèles markoviens graphiques pour la fusion de données individuelles et d'interactions : application à la classification de gènes

Matthieu Vignes 1
1 MISTIS - Modelling and Inference of Complex and Structured Stochastic Systems
Inria Grenoble - Rhône-Alpes, LJK - Laboratoire Jean Kuntzmann, INPG - Institut National Polytechnique de Grenoble
Résumé : Les recherches que nous présentons dans ce mémoire s'inscrivent dans le cadre de l'intégration statistique de données post-génomiques hétérogènes. La classification non supervisée de gènes vise à regrouper en ensembles significatifs les gènes d'un organisme, vu comme un système complexe, conformément aux données expérimentales afin de dégager des actions concertées de ces gènes dans les mécanismes biologiques mis en jeu.

Nous basons notre approche sur des modèles probabilistes graphiques. Plus spécifiquement, nous utilisons l'outil de champs de Markov cachés qui permet la prise en compte simultanée de données propres à chacun des gènes grâce a des distributions de probabilités et de données traduisant un réseau d'interaction au sein de l'organisme à l'aide d'un graphe non-orienté entre les gènes.

Apres avoir présenté la problématique et le contexte biologique, nous décrivons le modèle utilisé ainsi que les stratégies algorithmiques d'estimation des paramètres (i.e. approximations de type champ moyen). Puis nous nous intéresserons à deux particularités des données auxquelles nous avons été confrontés et qui amènent des développements du modèle utilisé, notamment la prise en compte de l'absence de certaines observations et la haute dimensionnalité de celles-ci. Enfin nous présenterons des expériences sur données simulées ainsi que sur données réelles sur la levure qui évaluent le gain apporté par notre travail. Notamment, nous avons voulu mettre l'accent sur des interprétations biologiques plausibles des résultats obtenus.
Type de document :
Thèse
Mathématiques [math]. Université Joseph-Fourier - Grenoble I, 2007. Français
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Contributeur : Matthieu Vignes <>
Soumis le : jeudi 1 novembre 2007 - 18:48:29
Dernière modification le : dimanche 21 juillet 2013 - 14:30:57
Document(s) archivé(s) le : mardi 21 septembre 2010 - 15:02:11

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Matthieu Vignes. Modèles markoviens graphiques pour la fusion de données individuelles et d'interactions : application à la classification de gènes. Mathématiques [math]. Université Joseph-Fourier - Grenoble I, 2007. Français. <tel-00178348v2>

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