Un cadre formel pour l'annotation experte des gènes eucaryotes

Résumé : Malgré des avancées considérables dans le domaine de l'annotation automatique de gènes, l'annotateur de référence reste l'expert humain. Nous avons donc développé Exogean, une méthode automatique qui suit le même processus que l'expert humain. Pour cela, Exogean utilise des multi-graphes orientés acycliques colorés (DACMs) où les sommets sont des objets biologiques, et les multiples couleurs d'arêtes entre les sommets sont des relations entre ces objets. Les DACMs sont parcourus suivant des chemins qui répliquent les règles suivies par l'expert humain lorsqu'il analyse les données.

Le fait que les règles heuristiques utilisées par l'expert soient de différentes natures, soient susceptibles d'évoluer au cours du temps et s'appliquent à des ressources de types différents, a fait ressortir le besoin d'un cadre formel à la fois flexible, intuitif et générique pour l'annotation de gènes. Nous avons donc également développé DACMLang, un langage dédié à l'annotation de gènes fondé sur les DACMs.
Type de document :
Thèse
Autre [cs.OH]. Université d'Evry-Val d'Essonne, 2006. Français


https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00112099
Contributeur : Sarah Djebali <>
Soumis le : mardi 7 novembre 2006 - 14:46:10
Dernière modification le : jeudi 29 septembre 2016 - 01:13:06
Document(s) archivé(s) le : mardi 6 avril 2010 - 19:10:59

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  • HAL Id : tel-00112099, version 1

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Sarah Djebali. Un cadre formel pour l'annotation experte des gènes eucaryotes. Autre [cs.OH]. Université d'Evry-Val d'Essonne, 2006. Français. <tel-00112099>

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