Etude fonctionnelle du dégradosome d'Escherichia coli et régulation de la RNase E par phosphorylation
Résumé
The RNA degradosome of E. coli is a multienzymatic complex involved in mRNA degradation. It is composed of four major proteins: RNase E, PNPase, RhlB and enolase. In our first study, we examined the interaction between RNase E and RhlB, and other DEAD-box RNA helicases. We showed the existence of two distinct helicase binding sites: one that is RhlB specific and another that binds SrmB, RhlE or CsdA. A second study was aimed at elucidating the role of enolase in the degadosome. Considering these results, the hypothesis that enolase has a general role in mRNA degradation seems unlikely. Studies on inhibition of the RNase E due to phosphorylation of its non-catalytic domain by a protein kinase from bacteriophage T7 led to mechanistic models for the control of RNase E activity. In addition, these studies showed a close link between the catalytic and non-catalytic domains of RNase E. Furthermore, there apparently is an endogenous kinase in E. coli that phosphorylates the non-catalytic domain of the RNase E, but only in the absence of the catalytic domain.
Le dégradosome d'E. coli est un complexe protéique impliqué dans la dégradation des ARNm constitué de quatre protéines majeures : RNase E, PNPase, RhlB et l'Enolase. Dans le but de mieux comprendre l'action du dégradosome, des études de l'interaction de RhlB et des autres hélicases DEAD-box de la cellule avec la RNase E ont été menées. Deux sites distincts d'interaction ont été mis en évidence dont l'un spécifique de RhlB. Ceci suggère l'existence de dégradosome alternatif différents selon les conditions de croissance. Des travaux menés sur l'Enolase afin de déterminer son rôle au sein du complexe semblent écarter un rôle structural du complexe ou global de la dégradation des ARNm. L'hypothèse d'un effet plus spécifique est privilégiée. Enfin, des travaux sur la régulation de la RNase E par phosphorylation ont conduit à plusieurs modèles de mécanismes son inhibition par ce processus. Une relation étroite entre le domaine NTH et CTH de la RNase E a ainsi été mise en évidence. De plus, il semble qu'une kinase endogène de E. coli puisse phosphoryler le CTH de la RNase E, uniquement en absence du NTH.