SYNTHESIS AND STUDIES OF OLIGONUCLEOTIDIC PROBES EXHIBITING MODIFIED FLUORESCENT SIGNAL UPON HYBRIDIZATION

SYNTHÈSE ET ÉTUDES DE SONDES OLIGONUCLÉOTIDIQUES DONT LE SIGNAL FLUORESCENT EST MODIFIÉ AU COURS DE L'HYBRIDATION

Rémy Lartia (1)

1 CBM - Centre de biophysique moléculaire

The aim of this work was the synthesis and studies of oligonucleotidic probes linked to fluorescent labels exhibiting modified signals upon hybridization with the complementary sequences. New ODN-cyanine conjugates were synthesized. The influence of different parameters on the fluorescent signal modification was studied: attachment position of the labels to the ODNs (5'- or internucleotidic position), cyanine structure, stereochemistry. A new phosphorylating reagent has been developed and used for the preparation of the 5'-labeled conjugates. Another family of conjugates involving two identical labels at their 5'-ends was obtained. These labels: thiazole orange, pyrene or perylene are possessing intercalating properties. Hybridization of the conjugates with their complementary sequences induces modifications of the interaction between the two labels leading to changes of the fluorescent signals dependent on the label considered.

Le but de ce travail était de développer des sondes oligonucléotidiques liées à des marqueurs fluorescents émettant des signaux modifiés lors de l'hybridation avec des séquences complémentaires. Des conjugués ODNs-cyanines originaux ont été développés. L'influence de différents paramètres sur le signal fluorescent émis par la sonde ont été étudiés : position de liaisons des marqueurs à l'ODN (5'- ou internucléotidique), structure des cyanines, stéréochimie. Un nouveau réactif de phosphorylation des ODNs a été mis au point et utilisé pour la synthèse des conjugués marqués en position 5'.
D'autres conjugués comportant à leur extrémité 5' deux marqueurs identiques possédant des propriétés intercalantes : thiazole orange, pyrène ou pérylène ont été obtenus. Les interactions entre les deux marqueurs varient lors de l?hybridation de la sonde avec la séquence complémentaire, induisant une modification du signal fluorescent dont la nature et l'intensité dépendent du marqueur considéré

Mots clés: synthesis; ODN-cyanine conjugates; phosphorylation reagent; 5'-bis labelled conjugates; absorption and fluorescence spectroscopies

Mots clés: synthèse; conjugués ODN-cyanine; réactif de phosphorylation; ODN 5'-bis marqués; pérylène; pyrène; spectroscopies d'absorption et de fluorescence

Rémy Lartia. SYNTHÈSE ET ÉTUDES DE SONDES OLIGONUCLÉOTIDIQUES DONT LE SIGNAL FLUORESCENT EST MODIFIÉ AU COURS DE L'HYBRIDATION. domain_other. Université d'Orléans, 2004. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00009318v3⟩