Biologie Moléculaire et Phylogenèse des Lémuriformes (Primates de Madagascar)
Résumé
Molecular biology and Lemuriformes (Malagasy Primates) phylogeny In this study most of the species included in the Lemuridae (Eulemur, Hapalemur, Varecia), Indriidae (Indri, Propithecus, Avahi), Lepilemuridae, Cheirogaleidae (Cheirogaleus, Microcebus, Mirza) and Daubentonia are used, as well as a sub-fossile (Megaladapis edwardsi) and two Tupaia species. Mitochondrial sequences from a cytochrome b fragment (357 bp) and a 12S rRNA fragment (393 bp) are used to infer phylogenetic relationships between Lemuriformes families. Reconstructions are done using different methods (Neighbor-joining, Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Parsimony Ratchet, Quartet Puzzeling). The different trees are compared using LTR (Likelihood Test ratio) tests and 'four clusters' tests. The most 'credible' phylogenetic reconstruction is then: ((Cheirogaleidae, (Indriidae, (Lepilemuridae, Megaladapis)), ((Eulemur, Hapalemur), Varecia)), (Daubentonia, Tupaia)) The association between Daubentonia and Tupaia may indicate the existence of two distinct Lemuriformes colonisations, one conducting to the Daubentonia and the other to all other Malagasy Strepsirhini. The Megaladapis edwardsi sub-fossile appear to be grouped with le Lepilemuridae and together formed a clade how is the sister clade of the one including Indriidae. It was also possible to show that the sequences studied here have evolved under local molecular clocks. Divergence dates are estimated for the main groups. The oldest separation (near 60 million years) is found for the split between Daubentonia and Tupaia and the most recent (near 11 million years) is the one between Megaladapis and Lepilemuridae. For the other groups estimated divergence dates are between 48 and 29 million years.
Les Lémuriformes utilisés dans cette étude comprennent des représentants de la plupart des genres de Lemuridae (Eulemur, Hapalemur, Varecia), d'Indriidae (Indri, Propithecus, Avahi), de Lepilemuridae, de Cheirogaleidae (Cheirogaleus, Microcebus, Mirza), de Daubentonia. Un sub fossile (Megaladapis edwardsi) est également inclus dans l'analyser, ainsi que deux espèces de Tupaia. Les reconstructions phylogénétiques sont effectuées à partir, soit d'un fragment de 357 bp issu du cytochrome b, soit à partir d'un fragment de 393 bp du 12S rRNA, soit à partir d'une combinaison des deux fragments précédents, en utilisant différentes méthodes (Neighbor-Joining, Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Parsimony Ratchet, Quarter Puzzeling). Ces reconstructions sont comparées par des tests LTR (Likelihood Test Ratio) et des tests 'quatre clusters'. L'arbre phylogénétique les plus 'crédible' est alors: ((Cheirogaleidae, (Indriidae, (Lepilemuridae, Megaladapis)), ((Eulemur, Hapalemur), Varecia)), (Daubentonia, Tupaia)) L'association trouvée entre Daubentonia et Tupaia peut indiquer l'existence de deux colonisations distinctes de Madagascar par les Lemuriformes, l'une ayant donné naissance à la lignée des Daubentonia et l'autre à l'ensemble des autres Strepsirhini malgaches. Le sub fossile Megaladapis edwardsi se trouve groupé avec les Lepilemuridae et cet ensemble apparaît comme le cluster frère de celui formé par les Indriidae. Il a également été possible de montrer que les différentes séquences étudiées évoluaient sous des horloges moléculaires locales. Enfin les dates de divergence des principaux groupes ont pu être déterminées. La séparation la plus ancienne (voisine de 60 millions d'années) est trouvée pour la divergence entre Daubentonia et Tupaia; alors que la plus récente (voisine de 11 millions d'années) est celle impliquant le Megaladapis et les Lepilemuridae. Pour les autres groupes les dates de divergence se répartissent entre 48 et 29 millions d'années.