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Fiche détaillée Thèses
Université Joseph-Fourier - Grenoble I (25/09/2009), Roberto GEREMIA (Dir.)
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Communauté bactérienne de sols alpins et filtres environnementaux
Bahar Shahnavaz1

Les bactéries jouent un rôle clé dans les cycles biogéochimiques. Bien que l'effet du manteau neigeux en hiver dans la fonction et la composition des communautés bactériennes du sol ait été signalé, l'effet de la variation spatio-temporelle du manteau neigeux reste à étudier. Dans cette étude, nous avons caractérisé la dynamique spatio-temporelle des communautés bactériennes à partir de deux sites extrêmes selon un gradient de couvert neigeux. Pour cela, nous avons utilisé des approches moléculaires (SSCP et clonage / séquençage) et traditionnel (isolation par culture bactérienne). Les résultats présentés montrent que l'ensemble de la diversité bactérienne, sa composition et sa structure phylogénétique sont fortement liés à la durée de la couverture de neige. En outre, ces effets sont détectables au cours de la saison de végétation des plantes. Les facteurs biotiques et abiotiques (i.e. la sénescence des plantes et le pH du sol) jouent un rôle essentiel conduisant au regroupement de certaines bactéries en clades spécifiques (Acidobactéries, Actinobactéries, α-et β-Proteobactéries). Au cours de la saison de végétation des plantes, les clades de bactéries sont plus dispersés. La présente étude montre que, à un niveau taxonomique fin, la variation temporelle est un facteur plus important que la variation spatiale sur la diversité bactérienne. A un niveau taxonomique supérieur (i.e. sousphylum), la conclusion est inverse. Seule une petite fraction du total de la diversité bactérienne est cultivable et il se peut que certains groupes bactériens soient surreprésentés dans les plaques de culture. Cette étude apporte un nouvel éclairage sur le rôle de l'hiver et de la couverture neigeuse dans les distributions des communautés bactériennes. Cette étude peut-être utile pour prédire le comportement des bactéries dans les cycles des éléments nutritifs dans un contexte de réchauffement de la planète.
1 :  LECA - Laboratoire d'écologie alpine
"diversité et structure phylogénétique bactérienne" – "sols alpins" – "filtres environnementaux" – "couverture de neige"

Alpine soil bacterial community and environmental filters
Bacteria play a key role in biogeochemical cycles. While the effect of winter snow cover in function and composition of soil bacterial communities has been reported, the effect of spatio-temporal variation of snow cover remains to be studied. In this study, we characterised the spatio-temporal dynamics of bacterial communities from two sites at the extremes of a snow cover gradient. We used molecular (SSCP and cloning/sequencing) and traditional (bacterial isolation by culture) approaches. The presented results show that the overall bacterial diversity, composition and phylogenetic structure are strongly related to snow cover duration. Moreover, these effects are also detectable during the plant productive season. The biotic and abiotic factors (i.e. plant senescence and soil pH) play an essential role leading to the clustering of certain bacterial clades (Acidobacteria, Actinobacteria, α- and β-Proteobacteria). During the plant productive season, the bacterial clades are overdispersed. The preset study shows that, at a fine taxonomic level, the temporal variation is more important than the change over space. At higher taxonomic levels (i.e. sub-phylum), the space are more important than temporal variations. Only a minor fraction of the total bacterial diversity is cultivable, and may bacterial groups be overrepresented in culture plates. This study provides new insights in role of snow cover in bacterial communities' distribution and role of winter. This study may be useful in predicting of bacterial behaviour in nutrient cycle in a context of global warming.
"bacterial diversity and phylogenetic structure" – "alpine soils" – "environmental filters" – "Snow Cover"