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Fiche détaillée Thèses
École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan (19/09/2006), Marc le Bret (Dir.)
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Modulation de l'interaction intégrase/ADN du VIH-1 par des dérivés des styrylquinoléines et par la modification de nucléotides
Sophie Barbe1

L'intégrase (IN) du VII 1 1 catalyse l'insertion de l'ADN viral dans le génome de la cellule infectée en deux étapes: le 3' processing et le transfert de brins. Nous avons déterminé le mode de liaison d'inhibiteurs de l'IN (des dérivés des Styrylquinoléines) au domaine central de la protéine, en corrélation avec leur mécanisme d'action in vitro. Afin de comprendre les effets d'analogues de l'ADN viral sur l'activité de 3' processing et donc sur l'interaction séquence spécifique IN/ADN, nous avons prédit la structure et la flexibilité de nucléosides modifiés en 2' et d'analogues de l'extrémité LTR U5 de l'ADN viral.
1 :  LBPA - Laboratoire de Biotechnologie et Pharmacologie génétique Appliquée
intégrase du VIH-1 – LTR U5 de l'ADN viral – inhibiteurs de l'intégrase – nucléosides modifiés – plissement du sucre – flexibilité – hydratation – conformation et stabilité des doubles hélices – dynamique moléculaire – mécanique quantique – virus de l'immunodéficience humaine

Modulation of HIV-1 integrase/DNA interaction by styrylquinoline derivatives and by modified nucleotides
The HIV 1 integrase (IN) catalyses the insertion of the viral DNA into the infected cell's genome in two steps: the 3' processing and the strand transfer. We determined IN inhibitors binding mode (Styrylquinoline derivates) along the central domain' of the protein, in correlation with the proceeding mechanism found in vitro. To understand the effects of viral DNA analogues on the 3' processing activity and thus on the specific sequence interaction IN/DNA, we predicted the structure and the flexibility of nucleosides modified in 2 ' and of viral DNA LTR U5 extremity analogues.
HIV-1 integrase – viral DNA LTR U5 – integrase inhibitors – modified nucleosides – docking – clustering