Distribution in the cystic fibrosis context and ecology of the different species of the Scedosporium apiospermum complex
Distribution dans la mucoviscidose et écologie des différentes espèces du complexe Scedosporium apiospermum
Résumé
The Pseudallescheria boydii / Scedosporium apiospermum species complex ranks second among the filamentous fungi isolated from sputum samples of patients with cystic fibrosis, the most common genetic inherited disease in the Caucasian population and whose prognosis is closely related to respiratory functional deterioration. Distribution of the five different species of the complex was investigated in French patients with cystic fibrosis. Our results suggest that P. boydii is the predominant species (62%), followed by S. apiospermum (24%), Scedosporium aurantiacum (10%) and Pseudallescheria minutispora (4%). We also demonstrated the ability of these two species to chronically colonize the respiratory tract of patients with cystic fibrosis. Natural niches and reservoirs of these species that are potential sources of human contamination were then studied in the Pays-de-la-Loire region, France. The highest densities of these species were found in human-impacted areas. Scedosporium dehoogii is the most abundant species; S. aurantiacum, P. boydii and S. apiospermum were mainly found in agricultural areas, seashores and playgrounds, respectively. As PCR techniques are faster and more sensitive than cultural methods and allow semi-quantification, we finally developed a molecular method for detection and quantification of the P. boydii / S. apiospermum species complex. However, an optimization of the DNA extraction step is required for application on soil samples.
Le complexe Pseudallescheria boydii / Scedosporium apiospermum se situe au deuxième rang des champignons filamenteux isolés des expectorations de patients atteints de mucoviscidose, maladie génétique la plus fréquente dans la population caucasienne et dont le pronostic est étroitement lié à l'atteinte respiratoire. La distribution des cinq espèces constituant ce complexe a été étudiée au sein d'une cohorte de patients français atteints de mucoviscidose. Nos résultats suggèrent que P. boydii est l'espèce prédominante (62%), suivie de S. apiospermum (24%), Scedosporium aurantiacum (10%) et Pseudallescheria minutispora (4%). Nous avons également démontré la capacité de ces deux dernières espèces à coloniser de manière chronique les voies respiratoires de ces patients. Les niches naturelles et les réservoirs de ces espèces constituant des sources potentielles de contamination humaine ont ensuite été étudiées dans la région Pays-dela- Loire. Les densités les plus importantes de ces espèces ont été retrouvées dans les zones impactées par les activités humaines. Scedosporium dehoogii est l'espèce la plus abondante ; S. aurantiacum, P. boydii et S. apiospermum ont été principalement retrouvées dans les zones agricoles, les plages et les aires de jeux, respectivement. Les techniques de PCR étant plus rapides et plus sensibles que les méthodes culturales et permettant une semi-quantification, nous avons enfin développé une méthode moléculaire pour la détection et la quantification du complexe P. boydii / S. apiospermum. Cependant, une optimisation de l'étape d'extraction d'ADN génomique est nécessaire pour permettre l'application de cette méthode à des échantillons de sol.
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