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Fiche détaillée Thèses
Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II Université d'Auvergne - Clermont-Ferrand I (11/07/2008), Télesphore Sime-Ngando (Dir.)
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2008CLF21842.pdf(7.7 MB)
Importance de la variabilité verticale dans un lac méromictique profond: diversité et activité lysogène des communautés virales
Jonathan Colombet1

Les objectifs de ce travail visaient à déterminer l'importance qualitative, quantitative et fonctionelle des virus dans le Lac Pavin, en tenant compte des gradients liés à la profondeur. Nous montrons que la dynamique de la diversité de l'abondance et de l'activité lytique du virioplancton du lac est étroitement associée à celle des communautés microbiennes. La prise en compte de l'ensemble de la colonne d'eau indique que la structure des réseaux trophiques microbiens et la place des virus dans ces réseaux dépendent de la profondeur. Finalement, jusqu'à 16% du bactérioplancton serait lysogène. Ce mode de vie, antagoniste à celui lytique, dépend de la disponibilité de l'hôte et serait un mécanisme de survie virale, pouvant avoir une incidence sur l'évolution adaptative des hôtes. Ces résultats montrent que les virus seraient essentiels dans la diversification et l'écologie des communautés microbiennes, et dans les flux de matière et d'énergie circulant dans la colonne d'eau.
1 :  LMGE - Microorganismes : génome et environnement
Lac Pavin – Virioplancton – Réseaux trophiques microbiens – Gradients verticaux – Lyse virale – Lysogénie

Significance of vertical variability in a deep meromictic lake ; diversity and lysogenic activity of viral communties
The main goal of this thesis was to assess qualitative, quantitative and functional significance of viruses in Lake Pavin, by taking into account the depth-related gradients in the water column. Specifically, we have examined the (i) spatio temporal dynamics of viral community diversity, (ii) significance of depth-related gradients in seasonal variations of viral abundance and lytic activity and (iii) relative significance of lysogenic 'life style'. From an original concentration protocol, we have shown that the dynamics of viral diversity in the lake was strongly linked to those of microbial communities. Similar for variations in viral seasonal abundance and lytic activity. Through the entire water column, microbial trophic network structure and the role of viruses in this network depended strongly on depth, with a simplification of trophic modes, of biological organization levels of communities, and of trophic interactions with depth. Biological limnology of the deep layers is reducte to viruses and prokaryotes, and is thus governed by the viral loop processes. Finally, up to 16 % of bacterioplankton could be lysogens. This way of life, antagonist with lytic one, depended on host availability and could be more a mechanism for the maintenance of viral traits, than can further have significant incidences on the evolutionary ecology of host communities. Overall, our results show that viruses are essential in the diversification and ecology of microbial communities, and in the matter and energy flows in the lake water column.
Lake Pavin – Virioplankton – Microbial loop – Depth related gradients – Viral lysis – Lysogeny

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