Adaptation d'un algorithme génétique pour la reconstruction de réseaux de régulation génétique : COGARE.

Julien Briche (1)

1 SNC - Systèmes navals complexes

We propose a Genetic Algorithm for genetic reconstruction. Our approach introduces a multi-scale genetic algorithm : the optimization takes place at two levels, one local on single genes, and one global on groups of genes. Hence the efficiency function is hybrid. We also take account of three kinds of data, dynamical, static and supplementary. This is set up in a software: COGARE. It has been tested on simulated data and compared to existing softwares. It has also been used on two real cases, where it proved able to return interesting hints for biologists.

Nous proposons une approche “algorithme génétique” pour la reconstruction génomique. Notre approche introduit le concept d'algorithmie génétique multi-échelle : l'optimisation est conduite simultanément à une échelle locale et à une échelle globale. La fonction d'efficacité est donc hybride. Notre approche prend également en compte plusieurs types de données, dynamiques, statiques, ou imposées. Il en résulte un nouveau logiciel de reconstruction génomique, COGARE. Il est étalonné sur données simulées et comparé aux algorithmes existants. Il est utilisé sur deux cas réels, sur lesquels il révèle des capacités à renvoyer des informations pertinentes au biologiste.

Mots clés: puces à ADN; Algorithme génétique; rétro-ingénierie; réseaux génétiques; reconstruction de réseaux; optimisation; puces à ADN.

Domaines: Modélisation et simulation

Julien Briche. Adaptation d'un algorithme génétique pour la reconstruction de réseaux de régulation génétique : COGARE.. Modélisation et simulation. Université du Sud Toulon Var, 2009. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00479671⟩