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Theses Year : 2007

Bacitracin Resistance in Bacillus subtilis

Résistance à la bacitracine chez Bacillus subtilis

Rémi Bernard
  • Function : Author
  • PersonId : 857012

Abstract

Various natural antibiotic target the bacterial cell envelope. Some of them drastically alter the cytoplasmic membrane and others affect specifically the peptidoglycan (major cell wall component) biosynthesis pathway. To overcome this problem, bacteria possess several antibiotic resistance systems that confer them a crucial advantage in their ecologic niche. One of the major mechanisms found in bacteria is the active antibiotic efflux which often involves ABC-type transporters (for ATP Binding Cassette) that extrude antibiotics using ATP as a substrate. Bacteria also possess several systems, first, to detect environmental signals (antibiotic or cell wall stress), and second, to allow the signal transduction resulting in an adaptative response. Two kinds of detection systems are involved in cell wall stress response: phosphorelay systems and extracytoplasmic function sigma factors.

Bacillus subtilis is the Gram positive model bacterium of the Firmicute group that contains several pathogen or opportunistic organisms. Some Firmicutes are also ubiquitous and many produce antibiotics. The in silico and in vivo experiments performed in the laboratory on B. subtilis and others Firmicutes have pointed out the occurrence of systems that genetically and functionally couple a phosphorelay with an ABC-type transporter. In B. subtilis, three such systems, named BceRSAB (formerly YtsABCD), YvcPQRS and YxdJKLM, present high similarity. Our goal was to test if these systems could confer resistance to cell wall active antibiotics.

Bacitracin is a non ribosomal peptide antibiotic that forms a complex with the undecaprenyl pyrophosphate (UPP) and blocks the last step of the peptidoglycan biosynthesis: regeneration of undecaprenyl phosphate (UP). Our results clearly establish that the BceRSAB system is the major component of bacitracin resistance in B. subtilis. The bceAB operon expression is activated by the phosphorelay BceRS in the presence of bacitracin. We succeed also in identifying the protein, named BcrC, as a different component of the bacitracin resistance in B. subtilis. We demonstrate that BcrC is a UPP phosphatase involved in the regeneration of UP, in opposition with bacitracin action. bcrC gene expression is not dependent on the phosphorelay BceRS, however it is controlled by three different extracytoplasmic function sigma factors. As a conclusion, B. subtilis possesses at least two independent but additive bacitracin resistance systems.
We then have turned to the regulation mechanism involved in the BceRSAB bacitracin response. Surprisingly, our results show that the BceAB ABC transporter is not dispensable for the expression of its own structural genes in response to bacitracin. In other words, both the BceRS phosphorelay and the BceAB ABC transporter are necessary to trigger the BceRSAB induction in the presence of bacitracin. Furthermore, when the UPP cellular pool decreases (overproducing the BcrC UPP phosphatase), the BceRSAB bacitracin response is also diminished. We concluded that the UPP molecule participates in the BceRSAB stimulus. Our favoured hypothesis for future work is that the BceAB ABC transporter exports the UPP/bacitracin complex to create a membrane dissymetry sensed by the BceS sensor. Nevertheless, an alternative possibility could be that the BceRSAB regulation mechanism involves a direct interaction between the sensor and the transporter in the presence of bacitracin.

Like B. subtilis, several bacteria belonging to the Firmicute group possess both BcrC-like proteins and Bce-like systems. All BcrC-like proteins contain the characteristic motif of the PAP2 phosphatase protein family and we have postulated that they all are UPP phosphatases involved in a key step of the peptidoglycan biosynthesis pathway.
The other two Bce-like systems of B. subtilis, YvcPQRS and YxdJKLM, are also induced by different cell wall active antibiotics and we know that the YvcRS transporter is also involved in the regulation mechanism. Accordingly, we propose that all Bce-like systems of Firmicutes are detoxifying units directed against cell wall active antibiotics. These systems could constitute a new family of resistance systems where ABC transporters are necessary for resistance as well as for regulation.
L'enveloppe bactérienne est une cible majeure d'un grand nombre d'antibiotiques naturels. Certains provoquent d'importantes perturbations de la membrane cytoplasmique, d'autres ciblent spécifiquement les différentes étapes enzymatiques de la voie de biosynthèse du peptidoglycane, constituant majeur de la paroi. Pour contrer l'action de ces antibiotiques, les bactéries ont développé divers systèmes de résistance leur conférant un avantage sélectif dans leur niche écologique. Le rejet de l'antibiotique est un des principaux mécanismes de résistance rencontré chez les bactéries. Il implique parfois des transporteurs membranaires de type ABC (pour ATP Binding Cassette) pouvant hydrolyser l'ATP pour exporter ou importer un allocrite. Les bactéries possèdent également divers systèmes leur permettant, d'une part, de détecter un signal environnemental (antibiotique ou stress de la paroi qu'il engendre), et, d'autre part, d'assurer la transduction du signal qui aboutit à une réponse adaptée. Deux types de systèmes sont impliqués dans les réponses aux stress de la paroi : les phosphorelais et les facteurs sigma à fonction extracytoplasmique.

Le groupe des Firmicutes, dont la bactérie modèle est Bacillus subtilis, est un groupe ubiquitaire producteur d'antibiotiques et contenant de nombreux organismes pathogènes. Les analyses effectuées au laboratoire ont permis d'identifier chez les Firmicutes des systèmes associant un phosphorelais et un transporteur ABC. Dans chacun des cas, les gènes codant les différents partenaires du système sont à proximité sur le chromosome et le phosphorelais régule l'expression des gènes codant le transporteur ABC. On trouve trois de ces systèmes chez B. subtilis nommés BceRSAB (anciennement YtsABCD), YvcPQRS et YxdJKLM. L'objectif de notre étude était de tester l'hypothèse selon laquelle ces systèmes pouvaient être impliqués dans la résistance aux antibiotiques ciblant l'enveloppe bactérienne.

La bacitracine est un antibiotique qui se complexe à l'undécaprényl pyrophosphate (UPP) et inhibe la dernière étape de la biosynthèse du peptidoglycane : la régénération de l'undécaprényl phosphate (UP). Nos résultats indiquent que le système BceRSAB est le composant majeur de la résistance à la bacitracine chez B. subtilis. L'expression de l'opéron bceAB est activée, en présence de bacitracine, par le phosphorelais BceRS. Nous avons également identifié une protéine, nommée BcrC, qui participe à la résistance à la bacitracine chez B. subtilis. Nous avons démontré que cette dernière est une UPP phosphatase impliquée dans la régénération de l'UP et s'oppose ainsi à l'action de la bacitracine. L'expression du gène bcrC ne dépend pas du phosphorelais BceRS mais de trois facteurs sigma à fonction extracytoplasmique. En conclusion, B. subtilis possède deux types de systèmes de résistance à la bacitracine indépendants et complémentaires.
Nous avons par la suite analysé le mécanisme de régulation de l'induction du système BceRSAB par la bacitracine. Nos résultats sont surprenants et montrent clairement que le transporteur ABC BceAB participe à l'activation de l'expression de ses propres gènes de structure avec le phosphorelais BceRS. De plus, lorsque le pool cellulaire d'UPP diminue (lorsque la phosphatase BcrC est surproduite), et en présence de bacitracine, l'expression du gène bceA diminue également. Ceci montre que l'UPP participe, avec la bacitracine, au stimulus du système BceRSAB. Notre hypothèse de travail est que le transporteur ABC, prédit comme étant un exporteur, prend en charge le complexe UPP/bacitracine et agit comme une flippase pour créer une dissymétrie membranaire ressentie par le senseur BceS. Il n'est pas exclu, qu'en présence de bacitracine, le transporteur BceAB puisse interagir avec le senseur BceS pour permettre l'activation du système.

La majeure partie des bactéries du groupe des Firmicutes possède, d'une part, des protéines similaires à BcrC, et, d'autre part, des systèmes similaires au système BceRSAB. Toutes les protéines « BcrC-like » ont un motif caractéristique permettant de les classer dans la famille des phosphatases de type PAP2. Il est tentant de penser qu'elles sont toutes des UPP phosphatases assurant une des étapes clés de la synthèse du peptidoglycane.
Par ailleurs, les deux autres systèmes « Bce-like » de B. subtilis, YvcPQRS et YxdJKLM, sont également activés en présence d'antibiotiques ciblant l'enveloppe bactérienne et nous savons que le transporteur ABC YvcRS est aussi impliqué dans le mécanisme de régulation. Nous proposons donc que les systèmes « Bce-like » des Firmicutes sont tous des systèmes de détoxification dirigés contre des antibiotiques ciblant l'enveloppe bactérienne.
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Dates and versions

tel-00350345 , version 1 (06-01-2009)

Identifiers

  • HAL Id : tel-00350345 , version 1

Cite

Rémi Bernard. Résistance à la bacitracine chez Bacillus subtilis. Biochimie [q-bio.BM]. Université de la Méditerranée - Aix-Marseille II, 2007. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00350345⟩

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