Simulations et expériences sur le repliement de l'ARN : prédictions statistiques des pseudonoeuds in silico et réalisation de commutateurs ARN par transcription in vitro

Alain Xayaphoummine (1)

1 LDFC - Laboratoire de Dynamique des Fluides Complexes

Modeling of the thermodynamic cost of the pseudoknots structures. Development of an algorithm of exact acceleration of the Mote Carlo dynamics. Development and interfacing Web of a code of folding up of RNA molecule including pseudoknots. Made kinematic of the dynamics of folding up. Statistical study of the prevalence of the pseudoknots in biological and random sequences. Experimental checking of the code folding up. Experimental demonstration of the existence of a super-code guiding for the native folding up of RNA.

Modélisation du coût thermodynamique des structures pseudoneuds.
Développement d'un algorithme d'accélération exacte de la dynamique de monte Carlo.
Développement et interfaçage web d'un code de repliement de molécule ARN incluant les motifs pseudoneuds. Rendu cinématique de la dynamique de repliement.
Etude statistique de la prévalence des pseudoneouds dans des séquences biologiques et aléatoires.
Vérification expérimentale du code repliement. Démonstration expérimentale de l'existence d'un super-code guidant pour le repliement natif des ARN.

Mots clés: physique statistique; biophysique; bio informatique; stochastique : ARN

Domaines: Biophysique [physics.bio-ph]; Analyse de données, Statistiques et Probabilités [physics.data-an]; Biochimie [q-bio.BM]; Modélisation et simulation

Alain Xayaphoummine. Simulations et expériences sur le repliement de l'ARN : prédictions statistiques des pseudonoeuds in silico et réalisation de commutateurs ARN par transcription in vitro. Biophysique [physics.bio-ph]. Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2004. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00221533⟩