Characterization and functional analysis of novel target genes for the transcription factor hStaf/ZNF143
Caractérisation et analyse fonctionnelle de nouveaux gènes cibles du facteur de transcription hStaf/ZNF143
Résumé
The transcription factor Staf and its human ortholog ZNF173 are involved in the transcriptional activation of snRNA genes transcribed by RNA polymerase II and III and of 7 protein genes. The goal of our study was to characterize new target genes of this factor in humans. Combining a bioinformatic screen and ChIP experiments, we showed that at least 10% of human mRNA genes bind hStaf/ZNF143. This suggests that the staf binding site (SBS) constitutes one of the most widespread transcription factor binding sites in mammalian promoters. Moreover, we studied the promoter of the genes TFAM, BUB1B and SCARNA2 in which we identified numerous conserved elements including SBS. We showed the transcriptional importance of these elements. These results show that Staf regulates the transcription of genes involved in various cellular pathways and via promoters harboring various architectures
Le facteur de transcription Staf et son orthologue humain ZNF143 sont impliqués dans l'activation de la transcription de gènes d'ARN non codants transcrits par l'ARN polymérase II et III et dans celle de 7 gènes de protéines. L'objectif de ma thèse était de caractériser de nouveaux gènes cibles de ce facteur chez l'homme. Par une approche bioinformatique couplée à des expériences de ChIP, nous avons montré qu'environ 10% des promoteurs de gènes de protéines humaines fixent hStaf/ZNF143. Ceci suggère que le site de liaison de hStaf/ZNF143 (SBS) est l'un des plus abondants dans les génomes de mammifères. En parallèle, nous avons étudié les promoteurs des gènes TFAM, BUB1B et SCARNA2 dans lesquels nous avons identifié des éléments conservés dont des sites SBS. Nous avons montré l'importance de ces éléments dans la transcription. Ces résultats mettent en évidence que Staf régule l'activité de gènes impliqués dans des processus cellulaires divers via des promoteurs à architectures variées.