Analyzing and modeling neighboring site dependencies in DNA evolution
Analyse et modélisation des dépendances entre sites voisins dans l'évolution des séquences d'ADN
Résumé
On the one hand, this study examined dinucleotide over- and under-representations in different complete genomes, in order to determine possible links with DNA damage known mechanims. We focused on direct 5' and 3' neighbors, and analyzed the effect of UV light on the genomes of micro-organisms, and the effect of methylation on the genomes of metazoans. On the other hand, recent results by Bérard et al. on models of evolution incorporating neighboring site dependencies (pyrimidine followed by purine), allowed us to develop a probabilistic approach for the estimation of substitution rates due to the methylation-deamination process acting on CG dinucleotides.
Cette thèse a porté, d'une part, sur l'analyse des sur- et sous-représentations en dinucléotides au sein de différents génomes complets, en recherchant les liens éventuels avec des mécanismes connus de dommages causés à l'ADN qui soient liés à des sites avoisinants — particulièrement les voisins directs en 5' et 3'. L'étude de l'effet des UVs sur les génomes de micro-organismes, et sur l'effet de la méthylation sur les génomes de métazoaires en a été un des grands axes. D'autre part, les résultats récents de Bérard et al. sur des modèles d'évolution incorporant des dépendances entre bases adjacentes (pyrimidine suivie de purine) ont permis de développer une approche probabiliste d'estimation des substitutions liées au mécanisme de méthylation-désamination spontanée des dinucléotides CG.
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