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| Detailed view | PhD thesis |
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| Université Paul Sabatier - Toulouse III (2004-07-12), Christine Gaspin et Thomas Schiex (Dir.) |
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| Formalisme CSP (Constraint Satisfaction Problem) et localisation de motifs structurés dans les textes génomiques |
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| Patricia Thebault1 |
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| La recherche d'occurrences de gènes d'ARN dans les séquences génomiques est un problème dont l'importance est renouvelée par la découverte récente de très nombreux ARN fonctionnels, opérant souvent en interaction avec d'autres molécules. Le formalisme des réseaux de contraintes est approprié à cette problématique aussi bien sur le plan de la modélisation que sur les développements algorithmiques qu'il permet de proposer. Après une analyse et une comparaison des outils existants plongés dans le cadre des réseaux de contraintes, nous montrons comment l'utilisation conjointe des réseaux de contraintes, des techniques de résolution associées et des algorithmes et structures de données du "pattern matching" permet de modéliser et de rechercher efficacement des motifs structurés en interaction (faisant intervenir plusieurs textes génomiques simultanément). |
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| 1: | BIA - Biometrie et Intelligence Artificielle |
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| ARN – CSP – pattern-matching – motifs structurés |
| http://biomserv.univ-lyon1.fr/~thebault/PHD/these.pdf |
| CSP (Constraint Satisfaction Problem) formalism and localisation of structured motifs in genomic sequences |
| Searching RNA genes occurrences in genomic sequences is a task which importance has been renewed by the recent discovery of numerous fonctional RNA, often interacting with other ligands. The constraints network formalism is well adapted to this task, for molecules modeling as well as for the algorithmic developments it allows. After an analysis and comparison of existing tools within the framework of constraints networks, we show how the join use of constraints networks solving techniques and "pattern macthing" algorithms and data structures allows to model and efficiently search interacting structured motifs (with numerous genomic sequences interferring simultaneously). |
| structured motifs – RNA – constraints networks – pattern-matching |
| tel-00011452, version 1 | |
| http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011452 | |
| oai:tel.archives-ouvertes.fr:tel-00011452 | |
| From: Patricia Thebault | |
| Submitted on: Tuesday, 24 January 2006 11:54:08 | |
| Updated on: Tuesday, 24 January 2006 14:12:30 | |
