CSP (Constraint Satisfaction Problem) formalism and localisation of structured motifs in genomic sequences
Formalisme CSP (Constraint Satisfaction Problem) et localisation de motifs structurés dans les textes génomiques
Résumé
Searching RNA genes occurrences in genomic sequences is a task which
importance has been renewed by the recent discovery of numerous
fonctional RNA, often interacting with other ligands.
The constraints network formalism is well adapted to this task, for
molecules modeling as well as for the algorithmic developments it
allows. After an analysis and comparison of existing tools within the
framework of constraints networks, we show how the join use of
constraints networks solving techniques and "pattern macthing"
algorithms and data structures allows to model and efficiently search
interacting structured motifs (with numerous genomic sequences
interferring simultaneously).
importance has been renewed by the recent discovery of numerous
fonctional RNA, often interacting with other ligands.
The constraints network formalism is well adapted to this task, for
molecules modeling as well as for the algorithmic developments it
allows. After an analysis and comparison of existing tools within the
framework of constraints networks, we show how the join use of
constraints networks solving techniques and "pattern macthing"
algorithms and data structures allows to model and efficiently search
interacting structured motifs (with numerous genomic sequences
interferring simultaneously).
La recherche d'occurrences de gènes d'ARN dans les séquences
génomiques est un problème dont l'importance est renouvelée par la
découverte récente de très nombreux ARN fonctionnels, opérant
souvent en interaction avec d'autres molécules.
Le formalisme des réseaux de contraintes est approprié à cette problématique aussi bien sur le plan de la modélisation que sur les développements algorithmiques qu'il permet de proposer.
Après une analyse et une comparaison des outils existants plongés dans le cadre des réseaux de contraintes, nous
montrons comment l'utilisation conjointe des réseaux de contraintes,
des techniques de résolution associées et des algorithmes et
structures de données du "pattern matching" permet de modéliser et de
rechercher efficacement des motifs structurés en interaction (faisant
intervenir plusieurs textes génomiques simultanément).
génomiques est un problème dont l'importance est renouvelée par la
découverte récente de très nombreux ARN fonctionnels, opérant
souvent en interaction avec d'autres molécules.
Le formalisme des réseaux de contraintes est approprié à cette problématique aussi bien sur le plan de la modélisation que sur les développements algorithmiques qu'il permet de proposer.
Après une analyse et une comparaison des outils existants plongés dans le cadre des réseaux de contraintes, nous
montrons comment l'utilisation conjointe des réseaux de contraintes,
des techniques de résolution associées et des algorithmes et
structures de données du "pattern matching" permet de modéliser et de
rechercher efficacement des motifs structurés en interaction (faisant
intervenir plusieurs textes génomiques simultanément).
Domaines
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