Frameshift study in the genome of Saccharomyces cerevisiæ

Étude du décalage de phase de lecture dans le génome de Saccharomyces cerevisiæ

Michaël Bekaert (1)

1 INSTITUT DE GENETIQUE ET MICROBILOGIE

The ribosomal -1 frameshift is an unconventional mechanism of mRNA translation into protein. It controls the production of two different peptides from only one messenger. Although current examples of frameshifting are mainly limited to viral genomes and transposons, some bacterial and eukaryote events are also documented. My thesis work aimed at the search for frameshift-controlled genes in Saccharomyces cerevisiæ, by experimental biology and bioinformatics approaches. Part of this study was collaborative. During this work, the study of -1 frameshifting mechanism was also tackled. Results enabled to highlight the effect of modifications within the tRNA present in the ribosomal E-site during the shift, on the frameshift efficiency.

Le décalage de phase de lecture en -1 est un mécanisme de traduction non conventionnel des ARNm en protéines. Il contrôle la production de deux peptides différents à partir d'un messager unique. Bien que les exemples actuels de décalage de phase de lecture en -1 soient en grande partie limités aux génomes viraux et aux transposons, quelques événements bactériens et eucaryotes sont également documentés. Mon travail de thèse a eu pour objet la recherche de gènes contrôlés par décalage de phase de lecture chez la levure Saccharomyces cerevisiæ, par des approches de biologie expérimentale et de bioinformatique. Une partie de cette étude a été réalisée en collaboration. Au cours de ces travaux, l'étude du mécanisme du décalage de phase de lecture eucaryote a aussi été abordée. Mes résultats ont permis de mettre en évidence l'effet de la modification des ARNt présents au site E du ribosome au moment du décalage sur l'efficacité de changement de cadre de lecture en -1.

Mots clés: frameshift; E-site; tRNA

Mots clés: Saccharomyces cerevisiae; décalage de phase de lecture; HMM; site E; ribosome; ARNt

Domaines: Sciences du Vivant [q-bio]; Biologie cellulaire; Biochimie [q-bio.BM]; Modélisation et simulation

Michaël Bekaert. Étude du décalage de phase de lecture dans le génome de Saccharomyces cerevisiæ. Sciences du Vivant [q-bio]. Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2004. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-00007928⟩